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- PDB-1j1v: Crystal structure of DnaA domainIV complexed with DnaAbox DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j1v
タイトルCrystal structure of DnaA domainIV complexed with DnaAbox DNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*G)-3'
  • Chromosomal replication initiator protein dnaA
キーワードreplication/DNA / Protein-DNA complex / Replication / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / replication-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-oriC complex / DnaA-DiaA complex / DnaA-Dps complex / DnaA-HU complex / replication inhibiting complex / nucleoid / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding ...DnaA-oriC complex / DnaA-DiaA complex / DnaA-Dps complex / DnaA-HU complex / replication inhibiting complex / nucleoid / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic side of plasma membrane / sequence-specific DNA binding / DNA replication / lipid binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromosomal Replication Initiator Protein Dnaa; Chain: A; / DnaA protein, C-terminal DNA-binding domain / DnaA N-terminal domain / DnaA N-terminal domain / DnaA, N-terminal domain superfamily / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. ...Chromosomal Replication Initiator Protein Dnaa; Chain: A; / DnaA protein, C-terminal DNA-binding domain / DnaA N-terminal domain / DnaA N-terminal domain / DnaA, N-terminal domain superfamily / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / Trp repressor/replication initiator / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Chromosomal replication initiator protein DnaA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fujikawa, N. / Kurumizaka, H. / Nureki, O. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Katayama, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: NUCLEIC ACIDS RES. / 年: 2003
タイトル: Structural basis of replication origin recognition by the DnaA protein
著者: Fujikawa, N. / Kurumizaka, H. / Nureki, O. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Katayama, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2002年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*A)-3'
A: Chromosomal replication initiator protein dnaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7763
ポリマ－18,7763
非ポリマー00
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.385, 50.385, 158.830
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*G)-3' / DnaAbox DNA


分子量: 3966.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*A)-3' / DnaAbox DNA


分子量: 3975.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Chromosomal replication initiator protein dnaA


分子量: 10834.071 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA binding domain, DnaA domainIV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: cell-free protein synthesis system / 遺伝子: DnaA / プラスミド: pET15b / 参照: UniProt: P03004
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: Tris-HCl, magnesium formate, polyethylene glycol 8000, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris-HCl11
2magnesium formate11
3polyethylene glycol 800011
4Tris-HCl12
5magnesium formate12
6polyethylene glycol 800012
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1reservoirpH8.4
30.2 Mmagnesium formate1reservoir
418 %PEG80001reservoir
51
61

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9792, 0.9795, 0.9840, 0.9736
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97951
30.9841
40.97361
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 12618 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 87.6
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 20.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2489 1303 RANDOM
Rwork0.2292 --
all0.2292 12685 -
obs0.2292 12599 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数752 527 0 143 1422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.15348
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009139
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.40347
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.23851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeRfactor RworkRefine-IDTotal num. of bins used
2.1-2.180.24930.2466X-RAY DIFFRACTION6
2.18-2.260.24630.235X-RAY DIFFRACTION6
2.26-2.370.27890.2482X-RAY DIFFRACTION6
2.37-2.490.27540.2566X-RAY DIFFRACTION6
2.49-2.650.26510.2425X-RAY DIFFRACTION6
2.65-2.850.25970.2496X-RAY DIFFRACTION6
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0091
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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