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万見
- PDB-1j0d: ACC deaminase mutant complexed with ACC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j0d
タイトルACC deaminase mutant complexed with ACC
要素1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
キーワードLYASE / PLP dependent B group
機能・相同性
機能・相同性情報


amine catabolic process / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase activity / D-cysteine desulfhydrase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase/D-cysteine desulfhydrase / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5PA / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Williopsis saturnus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ose, T. / Fujino, A. / Yao, M. / Honma, M. / Tanaka, I.
引用
ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2003
タイトル: Reaction intermediate structures of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase: insight into PLP-dependent cyclopropane ring-opening reaction
著者: Ose, T. / Fujino, A. / Yao, M. / Watanabe, N. / Honma, M. / Tanaka, I.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase from Hansenula saturnus
著者: Yao, M. / Ose, T. / Sugimoto, H. / Horiuchi, A. / Nakagawa, A. / Wakatsuki, S. / Yokoi, D. / Murakami, T. / Honma, M. / Tanaka, I.
履歴
登録2002年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
B: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
C: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
D: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,5658
ポリマ－148,2364
非ポリマー1,3294
水16,844935
1
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
B: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7834
ポリマ－74,1182
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23050 Å2
手法PISA
2
C: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
D: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7834
ポリマ－74,1182
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.254, 267.293, 187.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase / ACCD / ACC deaminase


分子量: 37059.047 Da / 分子数: 4 / 変異: S1A, K51T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Williopsis saturnus (菌類) / プラスミド: pET11d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7M523, EC: 4.1.99.4
#2: 化合物
ChemComp-5PA / N-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-Y-LMETHYL]-1-AMINO-CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID / N-PYRIDOXYL-1-AMINO-CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 332.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N2O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ACC, ammmonium sulfate, pottasium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mMACC1drop
215-20 mg/mlenzyme1drop
340 mMpotassium phosphate1droppH6.5
41 mMPLP1drop
55 %glycerol1drop
6100 mMpotassium phosphate1reservoirpH7.4-8.0
72.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→63.2 Å / Num. all: 78434 / Num. obs: 76220 / % possible obs: 0.916 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 35.965 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 10134 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 84.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 38 Å / % possible obs: 91.6 % / Num. measured all: 356148
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.1 % / Num. unique obs: 10134 / Num. measured obs: 45758

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1F2D

1f2d


解像度: 2.2→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2789 6024 8 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all-82729 --
obs-75326 91.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.7456 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.787 Å20 Å20 Å2
2---2.995 Å20 Å2
3---3.782 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10420 0 88 935 11443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006734
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25917
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4112
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8257
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3289 560 -
Rwork0.287 --
obs-6806 0.821 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rwork: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0067
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.4112
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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