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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iyx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of enolase from Enterococcus hirae | ||||||
![]() | ENOLASE | ||||||
![]() | LYASE / ENOLASE family | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hosaka, T. / Meguro, T. / Yamato, I. / Shirakihara, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Enterococcus hirae Enolase at 2.8 A Resolution 著者: Hosaka, T. / Meguro, T. / Yamato, I. / Shirakihara, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ebhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer generated in the asymmetric unit by the operation: -x, -y, z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46456.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.34 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG4000, lithium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月25日 |
放射 | モノクロメーター: rotated-inclined double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 117740 / Num. obs: 30711 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.093 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS % possible obs: 100 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EBH 解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.0229 Å2 | |||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.3 Å | |||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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