[日本語] English
万見
- PDB-1iyj: STRUCTURE OF A BRCA2-DSS1 COMPLEX -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iyj
タイトルSTRUCTURE OF A BRCA2-DSS1 COMPLEX
要素
  • Deleted in split hand/split foot protein 1
  • breast cancer susceptibility
キーワードGENE REGULATION/ANTITUMOR PROTEIN / TUMOR SUPPRESSOR / BREAST CANCER SUSCEPTIBILITY / DNA-BINDING / GENE REGULATION-ANTITUMOR PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / HDR through Homologous Recombination (HRR) / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / BRCA2-MAGE-D1 complex / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere ...HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / HDR through Homologous Recombination (HRR) / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / BRCA2-MAGE-D1 complex / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / nuclear ubiquitin ligase complex / chordate embryonic development / female gonad development / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / histone H4 acetyltransferase activity / histone H3 acetyltransferase activity / lateral element / integrator complex / male meiosis I / telomere maintenance via recombination / mammary gland development / gamma-tubulin binding / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / oocyte maturation / DNA repair complex / response to UV-C / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / inner cell mass cell proliferation / Somitogenesis / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / hematopoietic stem cell proliferation / replication fork processing / centrosome duplication / hemopoiesis / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / chromosome organization / proteasome assembly / mRNA export from nucleus / response to nutrient / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / cellular response to ionizing radiation / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / positive regulation of mitotic cell cycle / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / proteasome complex / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / secretory granule / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of DVL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / regulation of cytokinesis / Degradation of AXIN / Hh mutants are degraded by ERAD / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog ligand biogenesis / G2/M Checkpoints / Defective CFTR causes cystic fibrosis / stem cell proliferation / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Regulation of RUNX3 expression and activity / response to gamma radiation / Hedgehog 'on' state / double-strand break repair via homologous recombination / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / nucleotide-excision repair / MAPK6/MAPK4 signaling / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / ABC-family proteins mediated transport / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / HDR through Homologous Recombination (HRR) / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs
類似検索 - 分子機能
BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / : / : / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical / BRCA2, OB2 ...BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / : / : / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical / BRCA2, OB2 / BRCA2 TR2 domain / Tower / BRCA2 repeat / BRCA2, OB1 / Breast cancer type 2 susceptibility protein / BRCA2 repeat / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 1 / BRCA2 repeat profile. / DSS1/SEM1 / DSS1/SEM1 family / DSS1_SEM1 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Breast cancer type 2 susceptibility protein homolog / 26S proteasome complex subunit SEM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Pavletich, N.P. / Jeffrey, P.D. / Yang, H.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: BRCA2 function in DNA binding and recombination from a BRCA2-DSS1-ssDNA structure.
著者: Yang, H. / Jeffrey, P.D. / Miller, J. / Kinnucan, E. / Sun, Y. / Thoma, N.H. / Zheng, N. / Chen, P.L. / Lee, W.H. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2002年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Deleted in split hand/split foot protein 1
B: breast cancer susceptibility
C: Deleted in split hand/split foot protein 1
D: breast cancer susceptibility


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,0194
ポリマ－200,0194
非ポリマー00
水00
1
A: Deleted in split hand/split foot protein 1
B: breast cancer susceptibility


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0092
ポリマ－100,0092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area30920 Å2
手法PISA
2
C: Deleted in split hand/split foot protein 1
D: breast cancer susceptibility


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0092
ポリマ－100,0092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area30940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.314, 130.314, 192.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 Deleted in split hand/split foot protein 1 / Split hand/foot deleted protein 1 / DSS1


分子量: 8284.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P60896
#2: タンパク質 breast cancer susceptibility / BRCA2


分子量: 91724.828 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 2335-3151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O35923

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Li2SO4, NH4OCOCH3, Bis-tris Propane, DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月1日
放射モノクロメーター: Se(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→25 Å / Num. all: 41234 / Num. obs: 41234 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→8 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 700 2 %random
Rwork0.244 ---
all0.248 33694 --
obs0.248 33694 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10092 0 0 0 10092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.55

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る