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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ixp | ||||||
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タイトル | Enzyme-phosphate Complex of Pyridoxine 5'-Phosphate synthase | ||||||
要素 | Pyridoxine 5'-Phosphate synthase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / TIM barrel / enzyme-ligand complex / open-closed transition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Garrido-Franco, M. / Laber, B. / Huber, R. / Clausen, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2002 タイトル: Enzyme-ligand complexes of pyridoxine 5'-phosphate synthase: implications for substrate binding and catalysis 著者: Garrido-Franco, M. / Laber, B. / Huber, R. / Clausen, T. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of PdxJ, the pyridoxine 5'-phosphate synthesizing enzyme 著者: Garrido-Franco, M. / Huber, R. / Schmidt, F.S. / Laber, B. / Clausen, T. #2: ジャーナル: Structure / 年: 2001 タイトル: Structural Basis for the Function of Pyridoxine 5'-Phosphate Synthase 著者: Garrido-Franco, M. / Laber, B. / Huber, R. / Clausen, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ixp.cif.gz | 199.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ixp.ent.gz | 159.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ixp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ixp_validation.pdf.gz | 470.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ixp_full_validation.pdf.gz | 496.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ixp_validation.xml.gz | 43.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ixp_validation.cif.gz | 61.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | the biological assembly is an octamer generated from the tetramer in the asymmetric unit by the operations: x,-y,-z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26290.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pdxJ / プラスミド: pASK-IBA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P0A794 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG6000, 2M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: microseeding, Garrido-Franco, M., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 1045. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 190793 / Num. obs: 190793 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 89.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 55933 / Num. measured all: 190793 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 開始モデル: native structure 解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.21 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_mcbond_it / Dev ideal: 2.84 |