モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.3→99 Å / Num. all: 261943 / Num. obs: 146822 / % possible obs: 85 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 18.08
反射 シェル
解像度: 1.3→1.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / % possible all: 58.6
反射
*PLUS
最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 542325
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 58.6 %
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
Jupiter210
データ収集
SCALEPACK
データスケーリング
AMoRE
位相決定
REFMAC
5
精密化
JUPITER210
データ削減
精密化
解像度: 1.4→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.213 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.19187
12385
10 %
RANDOM
Rwork
0.16541
-
-
-
all
0.168
111789
-
-
obs
0.168
111789
90.11 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 15.799 Å2
Baniso -1
Baniso -3
Baniso -2
1-
0.01 Å2
0.3 Å2
-
2-
-
0 Å2
0.47 Å2
3-
-
-0.38 Å2
-
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 1.4→12 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
4996
0
185
657
5838
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.014
0.022
5295
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_other_d
0.001
0.021
4700
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.736
2.239
7205
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_other_deg
1.347
3.121
10877
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
3.587
3
623
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
13.124
15
901
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.092
0.2
756
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.006
0.02
5901
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_other
0.002
0.02
1087
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.238
0.3
1395
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_other
0.187
0.3
4709
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_other
0.551
0.5
2
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.189
0.5
466
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_other
0.136
0.5
4
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_refined
0.152
0.3
28
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_other
0.252
0.3
94
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_refined
0.178
0.5
29
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
1.006
1.5
3097
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
1.705
2
4929
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
2.464
3
2198
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
3.897
4.5
2276
X-RAY DIFFRACTION
r_rigid_bond_restr
1.349
2
5295
X-RAY DIFFRACTION
r_sphericity_free
2.594
2
657
X-RAY DIFFRACTION
r_sphericity_bonded
1.933
2
5182
LS精密化 シェル
解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor
反射数
Rfree
0.272
767
Rwork
0.239
6717
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 12 Å / Rfactor Rfree: 0.192 / Rfactor Rwork: 0.165