PDB-1it4: Solution structure of the prokaryotic Phospholipase A2 from Strep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1it4

タイトル

Solution structure of the prokaryotic Phospholipase A2 from Streptomyces violaceoruber

要素

phospholipase A2

キーワード

HYDROLASE / Prokaryotic PLA2

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces violaceoruber (バクテリア)

手法

溶液NMR

データ登録者

Ohtani, K. / Sugiyama, M. / Izuhara, M. / Koike, T.

引用

ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2002
タイトル: A novel prokaryotic phospholipase A2. Characterization, gene cloning, and solution structure.
著者: Sugiyama, M. / Ohtani, K. / Izuhara, M. / Koike, T. / Suzuki, K. / Imamura, S. / Misaki, H.

履歴

登録	2002年1月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1it4.cif.gz	50.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1it4.ent.gz	36.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1it4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/1it4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/1it4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1it5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w0q-d 4z6h-1 1lwb-d 5f25-2 4z6i-1 4nfc-2 3zpv-9 3rcw-6 3mzt-1 5lpk-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

A: phospholipase A2

ヘテロ分子

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル

#1: タンパク質	phospholipase A2 分子量: 13570.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces violaceoruber (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Z4W2, UniProt: Q6UV28*PLUS, phospholipase A2
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR

-
試料調製

結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1

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解析

NMRアンサンブル	登録したコンフォーマーの数: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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