[日本語] English
万見
- PDB-1iqw: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT OF THE MOUSE ANTI-HUMAN FAS... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iqw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT OF THE MOUSE ANTI-HUMAN FAS ANTIBODY HFE7A
要素
  • ANTIBODY M-HFE7A, HEAVY CHAIN
  • ANTIBODY M-HFE7A, LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / FAB / ANTI_FAS / AGONISTIC ANTIBODY / APOPTOSIS
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ito, S. / Takayama, T. / Hanzawa, H. / Ichikawa, K. / Ohsumi, J. / Serizawa, N. / Hata, T. / Haruyama, H.
引用
ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the antigen-binding fragment of apoptosis-inducing mouse anti-human Fas monoclonal antibody HFE7A.
著者: Ito, S. / Takayama, T. / Hanzawa, H. / Ichikawa, K. / Ohsumi, J. / Serizawa, N. / Hata, T. / Haruyama, H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies on a Fab fragment of the mouse anti-human Fas monoclonal antibody HFE7A
著者: Ito, S. / Takayama, T. / Hanzawa, H. / Ichikawa, K. / Ohsumi, J. / Serizawa, N. / Haruyama, H. / Hata, T.
#2: ジャーナル: BIOSCI.BIOTECHNOL.BIOCHEM. / 年: 2000
タイトル: Cloning and expression of a novel murine anti-human Fas antibody
著者: Yoshida-Kato, H. / Ichikawa, K. / Yamaguchi, J. / Watanabe, K. / Ohsumi, J. / Yonehara, S. / Serizawa, N.
#3: ジャーナル: INT.IMMUNOL. / 年: 2000
タイトル: A novel murine anti-human Fas mAb which mitigates lymphadenopathy without hepatotoxicity
著者: Ichikawa, K. / Yoshida-Kato, H. / Ohtsuki, M. / Ohsumi, J. / Yamaguchi, J. / Takahashi, S. / Tani, Y. / Watanabe, M. / Shiraishi, A. / Nishioka, K. / Yonehara, S. / Serizawa, N.
履歴
登録2001年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: ANTIBODY M-HFE7A, LIGHT CHAIN
H: ANTIBODY M-HFE7A, HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8062
ポリマ－48,8062
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.435, 73.965, 133.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 ANTIBODY M-HFE7A, LIGHT CHAIN


分子量: 23919.178 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA / 株: FAS-DEFICIENT (FAS-/-)
#2: 抗体 ANTIBODY M-HFE7A, HEAVY CHAIN


分子量: 24886.852 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA / 株: FAS-DEFICIENT (FAS-/-)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: SODIUM CITRATE, SODIUM BORATE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.0K
結晶化
*PLUS
温度: 296 K / pH: 7.4 / 詳細: used seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.4
31.2 Msodium citrate1reservoir
43 %MPD1reservoir
510 mMsodium borate1reservoirpH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 15256 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 69732
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1178 7.9 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs-14984 96.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3342 0 0 57 3399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d30.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.62
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.371.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.992
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.522
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.512.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 195 8 %
Rwork0.211 2245 -
obs-2245 95.6 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 24.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg30.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.62
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.371.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.522
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.992
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.512.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.306 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rwork: 0.211 / Rfactor obs: 0.211

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る