ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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AMoRE | | 位相決定 | CNS | | 精密化 | MOSFLM | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HUS 解像度: 2.1→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.23 | 1420 | 10.14 % | RANDOM |
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Rwork | 0.196 | - | - | - |
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all | - | 14407 | - | - |
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obs | - | 13999 | 98.2 % | - |
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溶媒の処理 | Bsol: 66.8 Å2 / ksol: 0.436 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.542 Å2 | -2.812 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -3.542 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 7.084 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.3 Å | 0.26 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.17 Å | 0.18 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1318 | 0 | 0 | 131 | 1449 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.03 | X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.0049 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d19.56 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.767 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.757 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.732 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.948 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it4.292 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / Total num. of bins used: 10
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.265 | 138 | 10 % |
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Rwork | 0.243 | 1213 | - |
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obs | - | 1351 | 96.6 % |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 14240 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.196 / Rfactor Rfree: 0.23 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 35.7 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg19.56 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.767 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.265 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.243 |
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