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- PDB-1io5: HYDROGEN AND HYDRATION OF HEN EGG-WHITE LYSOZYME DETERMINED BY NE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1io5
タイトルHYDROGEN AND HYDRATION OF HEN EGG-WHITE LYSOZYME DETERMINED BY NEUTRON DIFFRACTION
要素LYSOZYME C
キーワードHYDROLASE / HYDROGEN / HYDRATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Niimura, N. / Minezaki, Y. / Nonaka, T. / Castagna, J.C. / Cipriani, F. / Hoeghoej, P. / Lehmann, M.S. / Wilkinson, C.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Neutron Laue diffractometry with an imaging plate provides an effective data collection regime for neutron protein crystallography.
著者: Niimura, N. / Minezaki, Y. / Nonaka, T. / Castagna, J.C. / Cipriani, F. / Hoghoj, P. / Lehmann, M.S. / Wilkinson, C.
#1: ジャーナル: CURR.OPIN.STRUCT.BIOL. / 年: 1999
タイトル: Neutrons expand the field of structural biology
著者: Niimura, N.
履歴
登録2001年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3311
ポリマ－14,3311
非ポリマー00
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.800, 80.800, 37.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

DOD

21A-362-

DOD

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME C


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: EGG WHITE / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: concentration gradient method / pH: 7
詳細: NiCl2, pH 7.0, concentration gradient method, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / 波長: 2.9-4.0
検出器タイプ: LADI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月3日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.91
241
反射解像度: 2→8.94 Å / Num. obs: 6700 / % possible obs: 81.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.164
反射 シェル解像度: 2→2.48 Å / % possible all: 77.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4LAUE SUITE MODIFIED FOR CYLINDER GEOMETRY (C. WILKINSON)精密化
INTLDMデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4LAUE SUITE MODIFIED FOR CYLINDER GEOMETRY (C. WILKINSON)データ削減
INTLDMデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 193L

193l


解像度: 2→8.94 Å / σ(I): 1
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.323 -RANDOM
obs0.21 6700 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 0 251 1252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d0.009
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg2.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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