+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1im0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A FROM ESCHERICHIA COLI N156A ACTIVE SITE MUTANT PH 8.3 | ||||||
要素 | OUTER MEMBRANE PHSOPHOLIPASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE / MEMBRANE PROTEIN / ANTI-PARALLEL BETA BARREL / MEMBRANE PHOSPHOLIPASE / SERINE HYDROLASE / CATALYTIC TRIAD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / phospholipase activity / phosphatidylglycerol metabolic process / lysophospholipase activity / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / lipid catabolic process ...phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / phospholipase activity / phosphatidylglycerol metabolic process / lysophospholipase activity / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / lipid catabolic process / cell outer membrane / calcium ion binding / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å | ||||||
データ登録者 | Snijder, H.J. / Van Eerde, J.H. / Kingma, R.L. / Kalk, K.H. / Dekker, N. / Egmond, M.R. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001 タイトル: Structural investigations of the active-site mutant Asn156Ala of outer membrane phospholipase A: function of the Asn-His interaction in the catalytic triad. 著者: Snijder, H.J. / Van Eerde, J.H. / Kingma, R.L. / Kalk, K.H. / Dekker, N. / Egmond, M.R. / Dijkstra, B.W. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1999 タイトル: Structural Evidence for Dimerization-Regulated Activation of an Integral Membrane Phospholipase 著者: Snijder, H.J. / Ubarretxena-Belandia, I. / Blaauw, M. / Kalk, K.H. / Verheij, H.M. / Egmond, M.R. / Dekker, N. / Dijkstra, B.W. #2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Outer Membrane Phospholipase A from Escherichia Coli 著者: Blaauw, M. / Dekker, N. / Verheij, H.M. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 600 | HETEROGEN ATOMS C3'-C8' OF BOG 502 HAVE MISSING ELECTRON DENSITY. ATOMS C5'-C8' OF BOG 504, 505 ...HETEROGEN ATOMS C3'-C8' OF BOG 502 HAVE MISSING ELECTRON DENSITY. ATOMS C5'-C8' OF BOG 504, 505 LACK INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1im0.cif.gz | 69.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1im0.ent.gz | 51 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1im0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1im0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1im0_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1im0_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1im0_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1im0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1im0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31493.852 Da / 分子数: 1 / 変異: N156A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A921, phospholipase A1 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 糖 | ChemComp-BOG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: MPD, calcium chloride, bis-tris buffer pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2000 / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS + NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.98→21 Å / Num. obs: 106289 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.98→3.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 372 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 21 Å / Num. obs: 7686 / Num. measured all: 106289 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 372 / Rmerge(I) obs: 0.34 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1QD5 WITH ACTIVE SITE RESIDUES TRUNCATED TO ALA. ALL WATER AND DETERGENT MOLECULES REMOVED. ALL ATOMS WERE GIVEN A RANDOM SHIFT OF ALMOST 0.5 ANGSTROM. 解像度: 2.98→21 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED bulk solvent: density level= 0.439543 e/A^3 B-factor= 81.1117 A^2
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.98→21 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 21 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.226 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|