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- PDB-1ikp: Pseudomonas Aeruginosa Exotoxin A, P201Q, W281A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ikp
タイトルPseudomonas Aeruginosa Exotoxin A, P201Q, W281A mutant
要素EXOTOXIN A
キーワードTRANSFERASE / all 3 EXOTOXIN A domains
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 ...Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者McKay, D.B. / Wedekind, J.E. / Trame, C.B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Refined Crystallographic Structure of Pseudomonas aeruginosa Exotoxin A and its Implications for the Molecular Mechanism of Toxicity
著者: Wedekind, J.E. / Trame, C.B. / Dorywalska, M. / Koehl, P. / Raschke, T.M. / McKee, M. / FitzGerald, D. / Collier, R.J. / McKay, D.B.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Crystallization of Exotoxin A from Pseudomonas aeruginosa
著者: Collier, R.J. / McKay, D.B.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1986
タイトル: Structure of Exotoxin A of Pseudomonas aeruginosa at 3.0-Angstrom Resolution
著者: Allured, V.S. / Collier, R.J. / Carroll, S.F. / McKay, D.B.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 1988
タイトル: Mapping the enzymatic active site of Pseudomonas aeruginosa exotoxin A.
著者: Brandhuber, B.J. / Allured, V.S. / Falbel, T.G. / McKay, D.B.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: The Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa Exotoxin Domain III with Nicotinamide and AMP: conformational differences with the intact exotoxin
著者: Li, M. / Dyda, F. / Benhar, I. / Pastan, I. / Davies, D.R.
履歴
登録2001年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXOTOXIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9055
ポリマ－66,7881
非ポリマー1174
水9,728540
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.910, 99.070, 58.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 EXOTOXIN A / NAD-DEPENDENT ADP-RIBOSYLTRANSFERASE


分子量: 66787.820 Da / 分子数: 1 / 変異: W281A, P201Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PE / プラスミド: pMOA1A2VK352 f+ T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P11439, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, sodium chloride, hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281.0K
結晶化
*PLUS
詳細: Collier, R.J., (1982) J. Mol. Biol., 157, 413.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月3日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→59.76 Å / Num. all: 293233 / Num. obs: 116635 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.52 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 3860 / Rsym value: 0.117 / % possible all: 58
反射
*PLUS
最低解像度: 60 Å / Num. measured all: 293233
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 58 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Wild Type EXOTOXIN A, 1.62A

解像度: 1.45→21.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 12268844.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 10852 10 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.205 116635 --
obs0.205 108126 90.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.2689 Å2 / ksol: 0.373386 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6 Å20 Å2-0.85 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3---1.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→21.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4582 0 4 540 5126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.682.5
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 1105 9.8 %
Rwork0.27 10158 -
obs-108126 75.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 60 Å / Num. reflection obs: 97274 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.012
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.682.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.299 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.27 / Rfactor obs: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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