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- PDB-1ijd: Crystallographic Structure of the LH3 Complex from Rhodopseudomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ijd
タイトルCrystallographic Structure of the LH3 Complex from Rhodopseudomonas acidophila strain 7050
要素(LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ...) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Pigment-protein complex / alpha-helix apoproteins / intergral membrane protein / light harvesting
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Light-harvesting complex / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Light-harvesting Protein / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain ...Light-harvesting complex / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Light-harvesting Protein / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / RHODOPINAL GLUCOSIDE / Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain / Light-harvesting protein B-800/820 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodoblastus acidophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者McLuskey, K. / Prince, S.M. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: The crystallographic structure of the B800-820 LH3 light-harvesting complex from the purple bacteria Rhodopseudomonas acidophila strain 7050.
著者: McLuskey, K. / Prince, S.M. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Analysis of the B800-820 Light-harvesting Complex from Rhodopseudomonas acidophila Strain 7050
著者: McLuskey, K. / Prince, S.M. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W.
履歴
登録2001年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
B: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
C: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
D: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
E: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
F: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,20421
ポリマ－30,9306
非ポリマー11,27415
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
B: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
C: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
D: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
E: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
F: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
ヘテロ分子

A: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
B: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
C: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
D: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
E: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
F: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
ヘテロ分子

A: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
B: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
C: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
D: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
E: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
F: LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,61263
ポリマ－92,79118
非ポリマー33,82145
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area98360 Å2
ΔGint-618 kcal/mol
Surface area26720 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.260, 117.260, 295.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN / ANTENNA PIGMENT PROTEIN / ALPHA CHAIN


分子量: 5578.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Photosynthetic purple bacteria / 由来: (天然) Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 7050 / 参照: UniProt: P35089
#2: タンパク質・ペプチド LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN / ANTENNA PIGMENT PROTEIN / BETA CHAIN


分子量: 4731.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Photosynthetic purple bacteria / 由来: (天然) Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 7050 / 参照: UniProt: P35094

-
糖 , 2種, 6分子

#4: 糖 ChemComp-RPA / RHODOPINAL GLUCOSIDE


タイプ: saccharide / 分子量: 731.012 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C46H66O7
#5: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 2種, 51分子

#3: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: potassium phosphate, benzamidine HCl, B-Octyl glucoside, sodium chloride, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
詳細: McLuskey, K., (1999) Acta Crystallogr., Sect.D, 55, 885.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
14.0 Mpotassium phosphate1droppH9.2
22.5 %(w/v)benzamidine hydrochloride1drop
32.3 Mammonium sulfate1reservoirpH9.7

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSRS PX9.610.87
シンクロトロンSRS PX9.620.87
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年8月29日vertically focussing Rh coated Si mirror
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1999年11月23日vertically focussing Rh coated Si mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1triangular single crystal Si monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2triangular single crystal Si monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→42 Å / Num. obs: 18970 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.37

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
RESTRAIN精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KZU (LH2 complex from Rps. acidophila strain 10050)

1kzu


解像度: 3→42 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: Engh & Huber for protein, for cofactors; geometry derived from small molecule structures
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.256 770 equivalent hkl's as for 1KZU
Rwork0.243 --
all-16042 -
obs-15220 -
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2001 0 780 42 2823
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.376 110
Rwork0.336 -
obs-2324
ソフトウェア
*PLUS
名称: RESTRAIN / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.243
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 46.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.021

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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