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- PDB-4k41: Crystal structure of actin in complex with marine macrolide kabir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k41
タイトルCrystal structure of actin in complex with marine macrolide kabiramide C
要素Actin, alpha skeletal muscle
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / actin filament / cell motility / gelsolin / citoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family ...ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / KABIRAMIDE C / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Petchprayoon, C. / Moriarty, N.W. / Fink, S.J. / Cecere, G. / Paterson, I. / Adams, P.D. / Marriott, G.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2014
タイトル: Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
著者: Pereira, J.H. / Petchprayoon, C. / Hoepker, A.C. / Moriarty, N.W. / Fink, S.J. / Cecere, G. / Paterson, I. / Adams, P.D. / Marriott, G.
履歴
登録2013年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5916
ポリマ－41,8631
非ポリマー1,7295
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.355, 55.553, 104.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-688-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin-1


分子量: 41862.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135

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非ポリマー , 5種, 374分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-KAB / KABIRAMIDE C


分子量: 946.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H75N5O14
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M MES pH 5.5, 0.1 M CaCl2, 12% 1,6-Hexanediol and 17% Polyethylene glycol 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月14日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→40 Å / Num. obs: 59011 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / % possible all: 59.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→40 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1945 2416 5.06 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.1694 58821 89.47 %-
all-58821 --
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2847 0 112 369 3328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2414194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8791124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.42160.3101930.30411678X-RAY DIFFRACTION57
1.4216-1.44610.3754930.26051834X-RAY DIFFRACTION62
1.4461-1.47240.2934990.25191988X-RAY DIFFRACTION67
1.4724-1.50070.27221150.22712073X-RAY DIFFRACTION70
1.5007-1.53140.24191320.21862227X-RAY DIFFRACTION76
1.5314-1.56470.29161200.21212377X-RAY DIFFRACTION81
1.5647-1.60110.22391450.20522531X-RAY DIFFRACTION86
1.6011-1.64110.23481320.20082686X-RAY DIFFRACTION90
1.6411-1.68550.30071350.19962873X-RAY DIFFRACTION96
1.6855-1.73510.25031590.19522945X-RAY DIFFRACTION99
1.7351-1.79110.23361570.19212920X-RAY DIFFRACTION100
1.7911-1.85510.19811630.1912925X-RAY DIFFRACTION99
1.8551-1.92940.21771720.17642970X-RAY DIFFRACTION99
1.9294-2.01720.20541580.16792939X-RAY DIFFRACTION99
2.0172-2.12350.19481390.16342989X-RAY DIFFRACTION100
2.1235-2.25660.18381490.15622952X-RAY DIFFRACTION99
2.2566-2.43080.16431550.15642946X-RAY DIFFRACTION100
2.4308-2.67540.20821800.16222971X-RAY DIFFRACTION99
2.6754-3.06240.2121540.16612979X-RAY DIFFRACTION100
3.0624-3.85780.16411690.15092979X-RAY DIFFRACTION100
3.8578-400.15691590.14923061X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.57940.07120.00711.8652-0.08582.05690.0138-0.06040.5258-0.01770.0154-0.0769-0.41370.2083-0.01560.1983-0.03460.01130.1359-0.03030.231911.687365.861217.4806
20.9556-0.0016-0.13540.651-0.26882.0494-0.001-0.08110.0643-0.09420.0243-0.03490.03690.151-0.0180.10860.01950.00080.0697-0.01940.138110.655453.015313.8283
30.90430.05890.4441.52190.95682.0924-0.0429-0.17210.1228-0.1001-0.03970.1031-0.2723-0.12580.00010.14870.03010.00760.26110.00170.13493.993861.347133.977
40.4876-0.10560.05170.65190.35121.14730.0309-0.2308-0.06270.0676-0.0473-0.00060.15140.0149-0.01280.14960.02390.00670.35150.0370.1455.244550.789241.6807
51.2403-0.32070.69350.7013-0.46532.52310.12790.027-0.2785-0.1451-0.03340.00590.4920.305-0.04290.19990.0613-0.01210.1462-0.01070.19414.106345.43749.8786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 78 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 79 through 165 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 166 through 216 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 217 through 334 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 335 through 375 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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