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万見
- PDB-1iho: CRYSTAL APO-STRUCTURE OF PANTOTHENATE SYNTHETASE FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iho
タイトルCRYSTAL APO-STRUCTURE OF PANTOTHENATE SYNTHETASE FROM E. COLI
要素PANTOATE--BETA-ALANINE LIGASE
キーワードLIGASE / Rossmann fold / dimer / apo / HIGH / KSMKS / flexible domains / multidomain
機能・相同性
機能・相同性情報


pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pantothenate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者von Delft, F. / Lewendon, A. / Dhanaraj, V. / Blundell, T.L. / Abell, C. / Smith, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of E. coli pantothenate synthetase confirms it as a member of the cytidylyltransferase superfamily.
著者: von Delft, F. / Lewendon, A. / Dhanaraj, V. / Blundell, T.L. / Abell, C. / Smith, A.G.
履歴
登録2001年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PANTOATE--BETA-ALANINE LIGASE
B: PANTOATE--BETA-ALANINE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5265
ポリマ－63,2792
非ポリマー2463
水11,061614
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.031, 78.075, 77.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is completely represented by the dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 PANTOATE--BETA-ALANINE LIGASE / PANTOTHENATE SYNTHETASE / PANTOATE ACTIVATING ENZYME


分子量: 31639.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: panc / プラスミド: pUC19 PCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AT1371
参照: UniProt: P31663, pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming)
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000 (4-6%), Tris buffer pH 8 (50 mM), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMTris-HCl1reservoir
24-6 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2510.970,0.8850,0.9791
シンクロトロンNSLS X2521.1
検出器
タイプID検出器日付詳細
BRANDEIS - B41CCD1999年5月30日Condensing Mirror Tunable Monochromator
BRANDEIS - B42CCD1999年5月30日Condensing Mirror Tunable Monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)MADMx-ray1
2si(111)Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
20.8851
30.97911
41.11
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 77294 / Num. obs: 81357 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6542 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 78.5
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87 % / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
SHARP位相決定
REFMAC精密化
ARPモデル構築
BUSTER精密化
TNT精密化
SHELXモデル構築
Oモデル構築
SnB位相決定
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
BUSTER位相決定
TNT位相決定
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: From experimental phases

解像度: 1.7→50 Å / Num. parameters: 2035 / Num. restraintsaints: 1823
Isotropic thermal model: Individual isotropic displacements, Overall anisotropic correction
交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): -999 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: Initial refinement: Refmac Complete missing segements: Buster/TNT Final refinement: Shelxl; Phases were derived from 3 SeMet MAD wavelengths combined with a native, and then refined it ...詳細: Initial refinement: Refmac Complete missing segements: Buster/TNT Final refinement: Shelxl; Phases were derived from 3 SeMet MAD wavelengths combined with a native, and then refined it against the native, but including experimental phases.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2536 4062 5 %RANDOM 5%
Rwork0.2118 ---
all0.211 77295 --
obs0.211 81357 92.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Bsol: 3.2719 Å2 / ksol: 0.9297 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 4420 / Occupancy sum non hydrogen: 4956
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4333 0 20 614 4967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0227
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor obs: 0.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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