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- PDB-1ig9: Structure of the Replicating Complex of a Pol Alpha Family DNA Po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ig9
タイトルStructure of the Replicating Complex of a Pol Alpha Family DNA Polymerase
要素
  • 5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*(DOC))-3'
  • DNA POLYMERASE
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / catalytic complex / fidelity / two metal ion mechanism / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase / : / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Franklin, M.C. / Wang, J. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Structure of the Replicating Complex of a Pol Alpha Family DNA Polymerase
著者: Franklin, M.C. / Wang, J. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of a Pol Alpha Family Replication DNA Polymerase from Bacteriophage RB69
著者: Wang, J. / Sattar, A.K. / Wang, C.C. / Karam, J.D. / Konigsberg, W.H. / Steitz, T.A.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Building a Replisome from Interacting Pieces: Sliding Clamp Complexed to a Peptide from DNA Polymerase and a Polymerase Editing Complex
著者: Shamoo, Y. / Steitz, T.A.
履歴
登録2001年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: 5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3'
P: 5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*(DOC))-3'
A: DNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0898
ポリマ－114,4473
非ポリマー6425
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.787, 118.602, 127.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Each monomer constitutes a functional assembly.

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 5550.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Substrate DNA, template strand
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*(DOC))-3'


分子量: 4240.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Substrate DNA, primer strand (dideoxy-terminated)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA POLYMERASE


分子量: 104655.141 Da / 分子数: 1 / Mutation: Exonuclease-deficient (D222A/D327A) mutant / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
属: T4-like viruses / 遺伝子: gp43 / プラスミド: pRB.43 exo- / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 3種, 361分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: PEG 350 monomethyl ether, calcium chloride, sodium cacodylate, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 350 monomethyl ether11
2calcium chloride11
3sodium cacodylate11
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Wang, J., (1997) Cell (Cambridge,Mass.), 89, 1087.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.5 mg/mlprotein1drop
20.05 Msodium citrate1drop
30.025 Msodium potassium tartrate1drop
40.5 Mammonium sulfate1drop
50.1 Msodium citrate1reservoir
60.5 Msodium potassium tartrate1reservoir
71.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月14日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 38733 / Num. obs: 38733 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CLQ, with non-protein atoms removed

1clq


解像度: 2.6→29.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 297902.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: Engh and Huber, as implemented in CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 3622 9.7 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.197 38733 --
obs0.197 37266 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.16 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.63 Å20 Å20 Å2
2---2.7 Å20 Å2
3---7.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7355 650 33 356 8394
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.523
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.044
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.035
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 170 9.8 %
Rwork0.325 1564 -
obs--91.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4TTP.PARTTP.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor all: 10
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 61.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.396 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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