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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ie4 | |||||||||
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タイトル | RAT TRANSTHYRETIN COMPLEX WITH THYROXINE (T4) | |||||||||
![]() | TRANSTHYRETIN | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT OF THYROID HORMONES / RAT TRANSTHYRETIN / PREALBUMIN / THYROXINE COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / thyroid hormone metabolic process / hormone binding / Neutrophil degranulation / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / hormone activity / protein-containing complex binding / protein-containing complex ...The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / thyroid hormone metabolic process / hormone binding / Neutrophil degranulation / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / hormone activity / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wojtczak, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of rat transthyretin (rTTR) complex with thyroxine at 2.5 A resolution: first non-biased insight into thyroxine binding reveals different hormone orientation in two binding sites. 著者: Wojtczak, A. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W. #1: ![]() タイトル: Structures of Human Transthyretin Complexed with Thyroxine at 2.0 ? Resolution and 3',5'-Dinitro-N-acetyl-L-thyronine at 2.2 ? Resolution 著者: Wojtczak, A. / Cody, V. / Luft, J. / Pangborn, W. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Rat Transthyretin at 2.5 A Resolution: First Report on a Unique Tetrameric Structure. 著者: Wojtczak, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 506.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 512.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1gkeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13614.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN RAT; PURIFIED FROM NATURAL SOURCE (SERUM) 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.472 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Ammonium sulfate, acetate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月1日 / 詳細: Collimator |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→82.5 Å / Num. all: 18890 / Num. obs: 18890 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.14 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique all: 1786 / % possible all: 82.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 82.5 Å / Num. obs: 16558 / % possible obs: 83.5 % / Num. measured all: 83761 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1GKE 解像度: 2.5→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 177534.13 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 17.32 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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拘束条件 | *PLUS
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