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万見
- PDB-1idy: STRUCTURE OF MYB TRANSFORMING PROTEIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1idy
タイトルSTRUCTURE OF MYB TRANSFORMING PROTEIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PROTOONCOGENE PRODUCT / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of testosterone secretion / myeloid cell development / positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / skeletal muscle cell proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / positive regulation of transforming growth factor beta production / embryonic digestive tract development / myeloid cell differentiation / cellular response to interleukin-6 ...positive regulation of testosterone secretion / myeloid cell development / positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / skeletal muscle cell proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / positive regulation of transforming growth factor beta production / embryonic digestive tract development / myeloid cell differentiation / cellular response to interleukin-6 / T-helper 2 cell differentiation / stem cell division / WD40-repeat domain binding / positive regulation of collagen biosynthetic process / homeostasis of number of cells / positive regulation of glial cell proliferation / spleen development / negative regulation of megakaryocyte differentiation / cellular response to retinoic acid / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / B cell differentiation / response to ischemia / thymus development / cellular response to leukemia inhibitory factor / erythrocyte differentiation / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of miRNA transcription / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to hydrogen peroxide / calcium ion transport / positive regulation of neuron apoptotic process / mitotic cell cycle / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / : / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / Homeodomain-like / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains ...Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / : / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / Homeodomain-like / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator Myb
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING IN 4D
データ登録者Furukawa, K. / Oda, M. / Nakamura, H.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: A small engineered protein lacks structural uniqueness by increasing the side-chain conformational entropy.
著者: Furukawa, K. / Oda, M. / Nakamura, H.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Comparison of the Free and DNA-Complexed Forms of the DNA-Binding Domain from C-Myb
著者: Ogata, K. / Morikawa, S. / Nakamura, H. / Hojo, H. / Yoshimura, S. / Zhang, R. / Aimoto, S. / Ametani, Y. / Hirata, Z. / Sarai, A. / al., et
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: Solution Structure of a Specific DNA Complex of the Myb DNA-Binding Domain with Cooperative Recognition Helices
著者: Ogata, K. / Morikawa, S. / Nakamura, H. / Sekikawa, A. / Inoue, T. / Kanai, H. / Sarai, A. / Ishii, S. / Nishimura, Y.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Solution Structure of a DNA-Binding Unit of Myb: A Helix-Turn-Helix-Related Motif with Conserved Tryptophans Forming a Hydrophobic Core
著者: Ogata, K. / Hojo, H. / Aimoto, S. / Nakai, T. / Nakamura, H. / Sarai, A. / Ishii, S. / Nishimura, Y.
履歴
登録1996年8月15日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related ...database_2 / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_related.details / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5211
ポリマ－6,5211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1200.1 ANGSTROM MAXIMUM DISTANCE VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 3


分子量: 6521.496 Da / 分子数: 1 / 変異: P140M, I155L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PRP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06876

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D 1H-1H NOESY

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試料調製

試料状態pH: 5 / 温度: 283 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX 600 / 磁場強度: 600.13 MHz

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software
名称開発者分類
PRESTOMORIKAMI,NAKAI,KIDERA,SAITO,NAKAMURA精密化
EMBOSS構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING IN 4D / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 0.1 ANGSTROM MAXIMUM DISTANCE VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 120 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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