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- PDB-1idc: ISOCITRATE DEHYDROGENASE FROM E.COLI (MUTANT K230M), STEADY-STATE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1idc
タイトルISOCITRATE DEHYDROGENASE FROM E.COLI (MUTANT K230M), STEADY-STATE INTERMEDIATE COMPLEX DETERMINED BY LAUE CRYSTALLOGRAPHY
要素ISOCITRATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (NAD(A)-CHOH(D))
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / guanosine tetraphosphate binding / tricarboxylic acid cycle / electron transport chain / NAD binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, dimeric, prokaryotic / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXALOSUCCINIC ACID / Isocitrate dehydrogenase [NADP]
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bolduc, J.M. / Dyer, D.H. / Scott, W.G. / Singer, P. / Sweet, R.M. / Koshland Junior, D.E. / Stoddard, B.L.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Mutagenesis and Laue structures of enzyme intermediates: isocitrate dehydrogenase.
著者: Bolduc, J.M. / Dyer, D.H. / Scott, W.G. / Singer, P. / Sweet, R.M. / Koshland Jr., D.E. / Stoddard, B.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Catalytic Mechanism of Nadp+-Dependent Isocitrate Dehydrogenase: Implications from the Structures of Magnesium-Isocitrate and Nadp+ Complexes
著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Regulation of Isocitrate Dehydrogenase by Phosphorylation Involves No Long-Range Conformational Change in the Free Enzyme
著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Thorsness, P.E. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Regulation of an Enzyme by Phosphorylation at the Active Site
著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Sohl, J.L. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989
タイトル: Structure of a Bacterial Enzyme Regulated by Phosphorylation, Isocitrate Dehydrogenase
著者: Hurley, J.H. / Thorsness, P.E. / Ramalingam, V. / Helmers, N.H. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M.
履歴
登録1995年1月18日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42021年11月3日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ISOCITRATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0263
ポリマ－45,8121
非ポリマー2142
水00
1
A: ISOCITRATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: ISOCITRATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0526
ポリマ－91,6232
非ポリマー4294
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area31040 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.100, 105.100, 150.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 262

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要素

#1: タンパク質 ISOCITRATE DEHYDROGENASE / IDH


分子量: 45811.578 Da / 分子数: 1 / 変異: K230M / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RATE-LIMITED ENOLATE INTERMEDIATE / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JLK1 / 遺伝子: ICD / Variant: ICD(-) (DEFICIENT IN WT IDH GENE) / プラスミド: PTK513 / 遺伝子 (発現宿主): ICD
発現宿主: PEMBL (DENTE ET AL 1983 NUC ACIDS RES 11,1645)
参照: UniProt: P08200, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-OXS / 2-OXALOSUCCINIC ACID


分子量: 190.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O7
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.84 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 73 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.4 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
128 mg/mldephosphorylated IDH1reservoir
234 %satammonium sulfate1reservoir
3100 mM1reservoirNaCl
435 mM1reservoirNa2HPO4
59 mMcitric acid1reservoir
60.2 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.7 - 2.1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月1日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.71
22.11
反射Num. obs: 17316 / % possible obs: 62 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 100 Å / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 4 Å / % possible obs: 82 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
OXFORDLAUE PACKAGE (J.CAMPBELL)データ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化最高解像度: 2.5 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数Selection details
Rwork0.169 --
obs0.169 17316 -
Rfree--DATA COLLECTED FROM FOUR SEPARATE CRYSTALS AT X26-C (POLYCHROMATIC LAUE BEAM LINE AT BROOKHAVEN NATIONAL LABORATORY) AND MERGED TOGETHER WITH LAUENORM IN OXFORD LAUE DATA REDUCTION PACKAGE.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3195 0 14 0 3209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.661
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.07
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.839
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.07
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.839

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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