ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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GLRF | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2600390.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.262 | 1868 | 7.3 % | RANDOM |
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Rwork | 0.221 | - | - | - |
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all | 0.221 | 25683 | - | - |
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obs | 0.221 | 25469 | 97.5 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.92 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.9 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -4.29 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -4.29 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 8.57 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.31 Å | 0.26 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.15 Å | 0.11 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.74 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3348 | 0 | 0 | 182 | 3530 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.89 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.51 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.47 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.11 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.07 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.262 | 296 | 7.2 % |
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Rwork | 0.22 | 3817 | - |
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obs | - | - | 96.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7.3 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.9 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.89 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.262 / % reflection Rfree: 7.2 % / Rfactor Rwork: 0.22 |
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