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- PDB-1id3: CRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST NUCLEOSOME CORE PARTICLE REVEALS F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1id3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST NUCLEOSOME CORE PARTICLE REVEALS FUNDAMENTAL DIFFERENCES IN INTER-NUCLEOSOME INTERACTIONS
要素
  • HISTONE H2A.1
  • HISTONE H2B.2
  • HISTONE H3
  • HISTONE H4
  • PALINDROMIC 146BP DNA FRAGMENT
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA / Nucleosome Core Particle / Chromatin / Histone / Protein/DNA Interaction / Nucleoprotein / Supercoiled DNA / Complex (Nucleosome Core-DNA) / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I upstream activating factor complex / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / HATs acetylate histones / cupric reductase (NADH) activity / global genome nucleotide-excision repair / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones ...RNA polymerase I upstream activating factor complex / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / HATs acetylate histones / cupric reductase (NADH) activity / global genome nucleotide-excision repair / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / replication fork protection complex / RMTs methylate histone arginines / Oxidative Stress Induced Senescence / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / intracellular copper ion homeostasis / Ub-specific processing proteases / CENP-A containing nucleosome / nucleosomal DNA binding / aerobic respiration / heterochromatin formation / structural constituent of chromatin / nucleosome / chromatin organization / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A / Histone, subunit A / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B ...Histone, subunit A / Histone, subunit A / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B.2 / Polyprenyl synthatase / Histone H2A.1 / Histone H3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者White, C.L. / Suto, R.K. / Luger, K.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Structure of the yeast nucleosome core particle reveals fundamental changes in internucleosome interactions.
著者: White, C.L. / Suto, R.K. / Luger, K.
履歴
登録2001年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: PALINDROMIC 146BP DNA FRAGMENT
J: PALINDROMIC 146BP DNA FRAGMENT
A: HISTONE H3
B: HISTONE H4
C: HISTONE H2A.1
D: HISTONE H2B.2
E: HISTONE H3
F: HISTONE H4
G: HISTONE H2A.1
H: HISTONE H2B.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,15027
ポリマ－199,21610
非ポリマー93417
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.922, 110.398, 192.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 1種, 2分子 IJ

#1: DNA鎖 PALINDROMIC 146BP DNA FRAGMENT


分子量: 45054.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALPHA SAT DNA / プラスミド: PUC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#2: タンパク質 HISTONE H3


分子量: 15273.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HISTONE H3 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PLYSS / 参照: UniProt: P61830
#3: タンパク質 HISTONE H4


分子量: 11264.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HISTONE H4 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PLYSS / 参照: UniProt: P02309
#4: タンパク質 HISTONE H2A.1


分子量: 13881.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HISTONE H2A / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PLYSS / 参照: UniProt: P04911
#5: タンパク質 HISTONE H2B.2


分子量: 14133.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HISTONE H2B / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PLYSS / 参照: UniProt: P02294

-
非ポリマー , 2種, 77分子

#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Manganese chloride, Potassium chloride, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MnCl211
2KCl11
3cacodylate11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 mg/mlprotein1drop
270 mM1dropKCl
376 mM1dropMnCl2
410 mMpotassium cacodylate1drop
535 mM1reservoirKCl
638 mM1reservoirMnCl2
75 mMpotassium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. all: 517812 / Num. obs: 39551 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 517812
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AOI

1aoi


解像度: 3.1→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1911 -Random
Rwork0.223 ---
all-38264 --
obs-36353 92.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6067 5980 17 60 12124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0069
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.14
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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