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- PDB-1ibc: CRYSTAL STRUCTURE OF INHIBITED INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ibc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF INHIBITED INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME
要素
  • (INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME) x 2
  • PEPTIDE ACE-TRP-GLU-HIS-ASA
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / CYSTEINE PROTEASE / INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME / ICE / CASPASE-1 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / The IPAF inflammasome / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex ...caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / The IPAF inflammasome / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / cytokine precursor processing / positive regulation of interleukin-18 production / CARD domain binding / NLRP3 inflammasome complex / osmosensory signaling pathway / Interleukin-1 processing / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Interleukin-37 signaling / pattern recognition receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / signaling receptor ligand precursor processing / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / cytokine binding / protein autoprocessing / The NLRP3 inflammasome / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / protein maturation / positive regulation of interleukin-1 beta production / NOD1/2 Signaling Pathway / cellular response to type II interferon / kinase binding / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / defense response to virus / microtubule / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 ...Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Becker, J.W. / Rotonda, J.
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1997
タイトル: A combinatorial approach for determining protease specificities: application to interleukin-1beta converting enzyme (ICE).
著者: Rano, T.A. / Timkey, T. / Peterson, E.P. / Rotonda, J. / Nicholson, D.W. / Becker, J.W. / Chapman, K.T. / Thornberry, N.A.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Interleukin-1 Beta Converting Enzyme: A Novel Cysteine Protease Required for Il-1 Beta Production and Implicated in Programmed Cell Death
著者: Thornberry, N.A. / Molineaux, S.M.
履歴
登録1997年2月12日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME
B: INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME
C: PEPTIDE ACE-TRP-GLU-HIS-ASA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2943
ポリマ－32,2943
非ポリマー00
水68538
1
A: INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME
B: INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME
C: PEPTIDE ACE-TRP-GLU-HIS-ASA

A: INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME
B: INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME
C: PEPTIDE ACE-TRP-GLU-HIS-ASA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5886
ポリマ－64,5886
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area18180 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.610, 64.610, 160.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-702-

HOH

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME / ICE / CASPASE-1


分子量: 21482.574 Da / 分子数: 1 / 変異: D381A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P29466, caspase-1
#2: タンパク質 INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME / ICE / CASPASE-1


分子量: 10214.745 Da / 分子数: 1 / 変異: D381A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P29466, caspase-1
#3: タンパク質・ペプチド PEPTIDE ACE-TRP-GLU-HIS-ASA


分子量: 596.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 1.5 ML DROPS OF PROTEIN-INHIBITOR SOLUTION (5.0 MG/ML IN 10 MILLIMOLAR TRIS-HCL, PH 8.5, 10 MILLI-MOLAR DTT, 3 MILLIMOLAR SODIUM AZIDE) WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR BUFFER (7. ...詳細: 1.5 ML DROPS OF PROTEIN-INHIBITOR SOLUTION (5.0 MG/ML IN 10 MILLIMOLAR TRIS-HCL, PH 8.5, 10 MILLI-MOLAR DTT, 3 MILLIMOLAR SODIUM AZIDE) WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR BUFFER (7.2% PEG-6000 (W:W), 0.10 M PIPES PH 5.8, 10 MILLIMOLAR DTT, 3 MILLIMOLAR SODIUM AZIDE) AND INCUBATED AT ROOM TEMPERATURE.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15.0 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
310 mMdithiothreitol1drop
43 mM1dropNaN3
57.2 %(w/w)PEG60001reservoir
60.10 MPIPES1reservoir
710 mMdithiothreitol1reservoir
83 mM1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年4月9日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 8445 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.96 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射
*PLUS
最高解像度: 2.73 Å / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 26257
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.73 Å / 最低解像度: 2.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SAINTデータ削減
SAINTデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: ICE INHIBITED BY ACE-YVAD-CHO

解像度: 2.73→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 863 10.7 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.173 8078 84.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.26 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2073 0 0 38 2111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it7.361.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it11.062
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it10.612
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it15.182.5
LS精密化 シェル解像度: 2.73→2.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.067 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 25 9.5 %
Rwork0.255 239 -
obs--28.5 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: ICE288.PAR / Topol file: ICE288.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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