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- PDB-2hbz: Crystal structure of human caspase-1 (Arg286->Ala, Glu390->Ala) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hbz
タイトルCrystal structure of human caspase-1 (Arg286->Ala, Glu390->Ala) in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK)
要素
  • (Caspase-1) x 2
  • PHQ-VAD-fluoromethylketone inhibitor
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / active-site inhibitor / allosteric circuit / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / The IPAF inflammasome / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex ...caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / The IPAF inflammasome / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18 production / cytokine precursor processing / CARD domain binding / NLRP3 inflammasome complex / osmosensory signaling pathway / Interleukin-1 processing / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Interleukin-37 signaling / pattern recognition receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / signaling receptor ligand precursor processing / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / cytokine binding / protein autoprocessing / The NLRP3 inflammasome / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / protein maturation / positive regulation of interleukin-1 beta production / NOD1/2 Signaling Pathway / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to type II interferon / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / kinase binding / positive regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / defense response to virus / microtubule / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 ...Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(1S)-1-(carboxymethyl)-3-fluoro-2-oxopropyl]-L-alaninamide / Caspase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Scheer, J.M. / Wells, J.A. / Romanowski, M.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: A Common Allosteric Site and Mechanism in Caspases
著者: Scheer, J.M. / Romanowski, M.J. / Wells, J.A.
履歴
登録2006年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2006年6月27日ID: 2FQV
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年5月30日Group: Database references
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-1
B: Caspase-1
C: PHQ-VAD-fluoromethylketone inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4563
ポリマ－30,4563
非ポリマー00
水3,297183
1
A: Caspase-1
B: Caspase-1
C: PHQ-VAD-fluoromethylketone inhibitor

A: Caspase-1
B: Caspase-1
C: PHQ-VAD-fluoromethylketone inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9136
ポリマ－60,9136
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_775-y+2,-x+2,-z+1/21
Buried area17080 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.245, 63.245, 142.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-11-

HOH

21B-140-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Caspase-1


分子量: 19783.723 Da / 分子数: 1 / 断片: P20 Subunit, Residues 120-297 / 変異: R286A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / プラスミド: PRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+ / 参照: UniProt: P29466, caspase-1
#2: タンパク質 Caspase-1


分子量: 10200.719 Da / 分子数: 1 / 断片: P10 Subunit, Residues 317-404 / 変異: E390A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / プラスミド: PRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+ / 参照: UniProt: P29466, caspase-1
#3: タンパク質・ペプチド PHQ-VAD-fluoromethylketone inhibitor / Z-VAD-FMK


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 471.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
参照: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(1S)-1-(carboxymethyl)-3-fluoro-2-oxopropyl]-L-alaninamide
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Pipes, 100 MM LI2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 MM DTT, 3 MM NAN3, 2 MM MGCL2, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月20日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 23540 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.19精密化
CrystalClearデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SC3

1sc3


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.015 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1109 5.2 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.22476 23540 --
obs0.225 20408 91.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2011 0 0 183 2194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0212071
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8991.9582792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2635247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1620.2939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0880.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1260.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0670.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3072.51250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1852038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4842.5821
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3295754
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.403 98
Rwork0.329 2047
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 60.4397 Å / Origin y: 48.4112 Å / Origin z: 32.1647 Å
111213212223313233
T0.0419 Å2-0.0041 Å2-0.0073 Å2-0.0524 Å2-0.0163 Å2--0.0476 Å2
L0.8786 °20.2244 °20.0124 °2-1.0293 °2-0.1525 °2--0.7681 °2
S0.0018 Å °0.0503 Å °-0.0877 Å °-0.018 Å °0.0259 Å °0.0074 Å °0.0836 Å °-0.0974 Å °-0.0277 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA132 - 14513 - 26
2X-RAY DIFFRACTION1AA149 - 29730 - 178
3X-RAY DIFFRACTION1BB318 - 4042 - 88
4X-RAY DIFFRACTION1AC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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