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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ib5 | ||||||
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タイトル | X-RAY 3D STRUCTURE OF P.LEIOGNATHI CU,ZN SOD MUTANT W83Y | ||||||
![]() | CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / prokaryotic superoxide dismutase / subunit interaction | ||||||
機能・相同性 | ![]() superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / periplasmic space / copper ion binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stroppolo, M.E. / Pesce, A. / D'Orazio, M. / O'Neill, P. / Bordo, D. / Rosano, C. / Milani, M. / Battistoni, A. / Bolognesi, M. / Desideri, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Single mutations at the subunit interface modulate copper reactivity in Photobacterium leiognathi Cu,Zn superoxide dismutase. 著者: Stroppolo, M.E. / Pesce, A. / D'Orazio, M. / O'Neill, P. / Bordo, D. / Rosano, C. / Milani, M. / Battistoni, A. / Bolognesi, M. / Desideri, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15790.817 Da / 分子数: 1 / 変異: W83Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-CU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 8k, NaCl, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 100 K / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月11日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→20 Å / Num. all: 5289 / Num. obs: 5289 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Rsym value: 0.23 / Net I/σ(I): 5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 33184 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: P.leiognathi Cu,Zn SOD wild type 解像度: 2.45→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28 Å2 |