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- PDB-1yai: X-RAY STRUCTURE OF A BACTERIAL COPPER,ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yai
タイトルX-RAY STRUCTURE OF A BACTERIAL COPPER,ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE
要素COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA-BARREL / METALLOENZYME / MACROMOLECULAR ASSEMBLY
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Photobacterium leiognathi (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bourne, Y. / Redford, S.M. / Lo, T.P. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Novel dimeric interface and electrostatic recognition in bacterial Cu,Zn superoxide dismutase.
著者: Bourne, Y. / Redford, S.M. / Steinman, H.M. / Lepock, J.R. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallographic Characterization of a Cu,Zn Superoxide Dismutase from Photobacterium Leiognathi
著者: Redford, S.M. / Mcree, D.E. / Getzoff, E.D. / Steinman, H.M. / Tainer, J.A.
履歴
登録1996年2月3日処理サイト: BNL
改定 1.01997年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE
B: COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE
C: COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7929
ポリマ－47,4053
非ポリマー3876
水6,449358
1
A: COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子

A: COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8626
ポリマ－31,6042
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
2
B: COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE
C: COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8626
ポリマ－31,6042
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.700, 87.000, 43.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.20969, -0.65398, -0.72687), (-0.62691, -0.48056, 0.61323), (-0.75034, 0.58427, -0.30922)
ベクター: 82.8228, 75.59549, 23.09389)

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要素

#1: タンパク質 COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE / CU / ZN SUPEROXIDE DISMUTASE / CU / ZN SOD


分子量: 15801.800 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photobacterium leiognathi (バクテリア)
株: MC1061 / 遺伝子: PHSOD / プラスミド: PPHSOD1LACI / 遺伝子 (発現宿主): PHSOD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00446, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細IN ALL THREE CHAINS, ARG 144 IS THE CATALYTICALLY IMPORTANT RESIDUE FOR SUPEROXIDE ANION ...IN ALL THREE CHAINS, ARG 144 IS THE CATALYTICALLY IMPORTANT RESIDUE FOR SUPEROXIDE ANION RECOGNITION. LYS 57, ASP 58 AND LYS 60 IN SS LOOP MAY HAVE A ROLE IN THE LONG-RANGE ATTRACTION OF THE FREE RADICAL ANION. THE DIMER INTERFACE IS COMPLETED BY AN UNUSUAL RING OF 11 HYDROGEN-BONDED SOLVENT MOLECULES BURIED WITHIN A CAVITY FILLING THE DIMER INTERFACE BETWEEN TWO HYDROPHOBIC CLUSTERS.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 42% MPD, 60 MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
260 mMpotassium phosphate1drop
342 %MPD1reservoir
460 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年7月20日
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 116490 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.049
反射
*PLUS
Num. obs: 30277 / Num. measured all: 116490 / Rmerge(I) obs: 0.049

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SOD

3sod


解像度: 1.9→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO / 詳細: X-PLOR ALSO USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1371 5 %EVERY 20TH REFLECTION
Rwork0.149 ---
all-28333 --
obs-26942 75 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 204 Å2 / ksol: 0.65 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3314 0 6 358 3678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01333950.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.32645761.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.80220220
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.014821.2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0155063.8
X-RAY DIFFRACTIONt_it3.43733951.3
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0272115
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5EB / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.149
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg17.8020
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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