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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i9j | ||||||
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タイトル | TESTOSTERONE COMPLEX STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD TYPE ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / fab fragment / anti-testosterone / recombinant / monoclonal / testosterone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / immune response / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Valjakka, J. / Takkinenz, K. / Teerinen, T. / Soderlund, H. / Rouvinen, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Structural insights into steroid hormone binding: the crystal structure of a recombinant anti-testosterone Fab fragment in free and testosterone-bound forms. 著者: Valjakka, J. / Takkinenz, K. / Teerinen, T. / Soderlund, H. / Rouvinen, J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: X-ray studies of recombinant anti-testosterone fab fragments: the use of peg 3350 in crystallization 著者: Valjakka, J. / Hemminki, A. / Teerinen, T. / Takkinen, K. / Rouvinen, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i9j.cif.gz | 104 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i9j.ent.gz | 79.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i9j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i9j_validation.pdf.gz | 703.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i9j_full_validation.pdf.gz | 709.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i9j_validation.xml.gz | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i9j_validation.cif.gz | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i9j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24056.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PKKTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308 / 参照: UniProt: Q99M37, UniProt: Q65ZC0*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 23509.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PKKTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308 / 参照: UniProt: Q9R1A4, UniProt: Q91Z05*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-TES / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: peg3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200HB / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MSC Confocal Blue Optics |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→99 Å / Num. all: 52788 / Num. obs: 16913 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.299 / % possible all: 95.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 52788 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: native anti-testosterone fab fragment 解像度: 2.6→99 Å / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→99 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 500 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.188 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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