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- PDB-1i80: CRYSTAL STRUCTURE OF M. TUBERCULOSIS PNP IN COMPLEX WITH IMINORIB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i80
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF M. TUBERCULOSIS PNP IN COMPLEX WITH IMINORIBITOL, 9-DEAZAHYPOXANTHINE AND PHOSPHATE ION
要素PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
キーワードTRANSFERASE / TRIMER / TRANSITION-STATE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyguanosine catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative purine nucleotide phosphorylase / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9-DEAZAHYPOXANTHINE / IMINORIBITOL / PHOSPHATE ION / Purine nucleoside phosphorylase / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shi, W. / Basso, L.A. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Blanchard, J.S. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structures of purine nucleoside phosphorylase from Mycobacterium tuberculosis in complexes with immucillin-H and its pieces.
著者: Shi, W. / Basso, L.A. / Santos, D.S. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Blanchard, J.S. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2001年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
B: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
C: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4328
ポリマ－82,7983
非ポリマー6335
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area28070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.984, 135.773, 45.012
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is the trimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / PNP / INOSINE PHOSPHORYLASE


分子量: 27599.457 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: PET-23A(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A538, UniProt: P9WP01*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-9HX / 9-DEAZAHYPOXANTHINE / 9-デアザヒポキサンチン


分子量: 135.123 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5N3O
#4: 化合物 ChemComp-IMR / IMINORIBITOL / 2-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDINE-3,4-DIOL / 1,4-ジデオキシ-1,4-イミノ-D-リビト-ル


分子量: 133.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS BUFFER, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 44 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mg/mlprotein1drop
25 mMsodium phosphate1drop
3100 mMTris1reservoirpH8.0
424 %PEG40001reservoir
525 mM1reservoirMgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 48026 / Num. obs: 48026 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.202 / % possible all: 83.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 176063 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.9 % / Rmerge(I) obs: 0.206

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G2O

1g2o


解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1.4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 4453 10 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.209 44342 10 %-
all-50635 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.91 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å20 Å2
2---1.69 Å20 Å2
3---3.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5728 0 44 274 6046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.812.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 645 10 %
Rwork0.203 5591 -
obs--75 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.209 / Rfactor obs: 0.206
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.255 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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