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- PDB-1i7q: ANTHRANILATE SYNTHASE FROM S. MARCESCENS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i7q
タイトルANTHRANILATE SYNTHASE FROM S. MARCESCENS
要素
  • ANTHRANILATE SYNTHASE
  • TRPG
キーワードLYASE / ANTHRANILATE SYNTHASE / GLUTAMYL THIOESTER / ANTHRANILATE BIOSYNTHESIS / CHORISMATE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate synthase / anthranilate synthase activity / tryptophan biosynthetic process / glutamine metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Anthranilate synthase component I, TrpE-like, bacterial / Anthranilate synthase/para-aminobenzoate synthase like domain / Anthranilate synthase component I, N-terminal / Anthranilate synthase component I, N terminal region / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal ...: / Anthranilate synthase component I, TrpE-like, bacterial / Anthranilate synthase/para-aminobenzoate synthase like domain / Anthranilate synthase component I, N-terminal / Anthranilate synthase component I, N terminal region / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / GLUTAMIC ACID / PYRUVIC ACID / Anthranilate synthase component 1 / Anthranilate synthase component 2
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Spraggon, G. / Kim, C. / Nguyen-Huu, X. / Yee, M.-C. / Yanofsky, C. / Mills, S.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: The structures of anthranilate synthase of Serratia marcescens crystallized in the presence of (i) its substrates, chorismate and glutamine, and a product, glutamate, and (ii) its end- ...タイトル: The structures of anthranilate synthase of Serratia marcescens crystallized in the presence of (i) its substrates, chorismate and glutamine, and a product, glutamate, and (ii) its end-product inhibitor, L-tryptophan.
著者: Spraggon, G. / Kim, C. / Nguyen-Huu, X. / Yee, M.C. / Yanofsky, C. / Mills, S.E.
履歴
登録2001年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年9月28日Group: Non-polymer description
改定 1.42011年10月12日Group: Non-polymer description
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTHRANILATE SYNTHASE
B: TRPG
C: ANTHRANILATE SYNTHASE
D: TRPG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,99212
ポリマ－157,2294
非ポリマー7638
水23,8521324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10280 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area47370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.316, 68.984, 116.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 ANTHRANILATE SYNTHASE / Anthranilate Synthase TrpE


分子量: 57664.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00897, anthranilate synthase
#2: タンパク質 TRPG / Anthranilate Synthase TrpG


分子量: 20950.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00900, anthranilate synthase

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非ポリマー , 5種, 1332分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#6: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化pH: 5.4 / 詳細: pH 5.40
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris1drop
215 %(v/v)glycerol1drop
32 mMdithiothreitol1drop
410 mMEDTA1drop
525 mg/mlprotein1drop
625 %PEG60001reservoir
7100 mMcitrate1reservoir
8100 mMglutamate1reservoir
934.5 mMglutamine1reservoir
108 mM1reservoirMgCl2
110.5 mMtryptophan1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.95→32.5 Å / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射
*PLUS
Num. obs: 88320 / 冗長度: 2.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1.0 REFMAC WARP精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PARTIALLY REFINED MODEL

解像度: 1.95→32.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 4376 5 %RANDOM R VALUE (WORKING + TEST SET) : 0.181
Rwork0.181 ---
obs0.181 88269 --
原子変位パラメータBiso mean: 24.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20 Å2-0.22 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→32.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10950 0 50 1324 12324
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.84
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg24.92
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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