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万見
- PDB-3vlj: Crystal Structure Analysis of the Cyanide Arg409Leu Variant Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vlj
タイトルCrystal Structure Analysis of the Cyanide Arg409Leu Variant Complexes with o-Dianisidine in KatG from HALOARCULA MARISMORTUI
要素Catalase-peroxidase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / CATALASE-PEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase-peroxidase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase ...Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / 3,3'-dimethoxybiphenyl-4,4'-diamine / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase-peroxidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Haloarcula marismortui (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sato, T. / Higuchi, W. / Yoshimatsu, K. / Fujiwara, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures and Peroxidatic Function of Cyanide Arg409Leu Variant and its Complexes with o-Dianisidine in KatG from HALOARCULA MARISMORTUI
著者: Sato, T. / Higuchi, W. / Yoshimatsu, K. / Fujiwara, T.
履歴
登録2011年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase-peroxidase 2
B: Catalase-peroxidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,2648
ポリマ－164,4902
非ポリマー1,7746
水13,457747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10090 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area51000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)315.209, 80.762, 75.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Catalase-peroxidase 2 / KatG / CP 2 / Peroxidase/catalase 2


分子量: 82245.148 Da / 分子数: 2 / 変異: R409L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / 遺伝子: katG2 / 発現宿主: Haloferax volcanii (古細菌) / 参照: UniProt: O59651, catalase-peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DDJ / 3,3'-dimethoxybiphenyl-4,4'-diamine / o-Dianisidine / o-ジアニシジン


分子量: 244.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16N2O2
#4: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1mM o-Dianisidine, 2.36-2.58M Ammonium sulfate, 0.5M potassium chloride, 20mM sodium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月16日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 203754 / Num. obs: 203754 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 39.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→36.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.57 / Data cutoff high absF: 2928338 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: FOR DDJ (ODA) SUBSTRATE, CYANIDE ARG409LEU VARIANT HAS HIGHER BINDING ENERGY IN THE CHAIN A THAN THAT OF THE CHAIN B DUE TO THE INTRINSIC FLEXIBILITY OF ODA WITH THE LARGER B-FACTOR AND LOWER OCCUPANCY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 10041 4.9 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs-203754 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.1006 Å2 / ksol: 0.3976 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 65.6 Å2 / Biso mean: 24.8222 Å2 / Biso min: 2.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.39 Å20 Å2-3.03 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3---5.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11121 0 126 747 11994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1612 4.9 %
Rwork0.254 31181 -
all-32793 -
obs--96.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4hem_xplor.paramhem_xplor.top
X-RAY DIFFRACTION5cn.parcn.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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