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- PDB-5syx: Crystal structure of Burkholderia pseudomallei KatG variant W139F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5syx
タイトルCrystal structure of Burkholderia pseudomallei KatG variant W139F
要素Catalase-peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalase-peroxidase / KatG W139F variant
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase-peroxidase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase ...Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / PHOSPHATE ION / Catalase-peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Loewen, P.C.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)D9600 カナダ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Burkholderia pseudomallei KatG variant W139F
著者: Loewen, P.C.
履歴
登録2016年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年9月14日ID: 4QZP
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase-peroxidase
B: Catalase-peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,25517
ポリマ－159,0602
非ポリマー2,19515
水29,6891648
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12840 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area50570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.667, 115.954, 175.022
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA36 - 11016 - 90
21GLYGLYBB36 - 11016 - 90
12HISHISAA112 - 74892 - 728
22HISHISBB112 - 74892 - 728

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Catalase-peroxidase / CP / Peroxidase/catalase


分子量: 79529.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: katG, BURPS1710b_3366 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JNW6, catalase-peroxidase

-
非ポリマー , 7種, 1663分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16-20% PEG 4000, 20% MPD, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→96.66 Å / Num. obs: 198305 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.77→1.87 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. measured all: 106716 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MWV

1mwv
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.77→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.422 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.0778 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.081
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 9845 5 %RANDOM
Rwork0.1407 ---
obs0.1422 188460 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.46 Å2 / Biso mean: 22.541 Å2 / Biso min: 8.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å20 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11008 0 144 1648 12800
Biso mean--29.41 31.26 -
残基数----1426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.01911544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3151.95515709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.283324601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.92451446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76623.615545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.778151761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3681591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.21657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.02113348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.022807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.941.8035728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9341.8025727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7012.6937151
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A43800.07
12B43800.07
21A414160.06
22B414160.06
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 759 -
Rwork0.224 13808 -
all-14567 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0266-0.0201-0.02950.10770.06960.14250.0070.0059-0.0149-0.0025-0.0027-0.00440.01750.0091-0.00430.01230.0019-0.00370.0074-0.00960.0172-24.3833-62.3785-20.8815
20.0972-0.01060.02210.0396-0.01260.0753-0.0162-0.0170.0094-0.0070.0198-0.0178-0.00320.0134-0.00360.0078-0.0033-0.00020.0191-0.01140.0123-9.4366-33.40745.648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 808
2X-RAY DIFFRACTION2B36 - 807

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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