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- PDB-1i73: COMPLEX OF PRO-LEU-L-TRP PHOSPHONATE WITH THE CATALITIC DOMAIN OF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i73
タイトルCOMPLEX OF PRO-LEU-L-TRP PHOSPHONATE WITH THE CATALITIC DOMAIN OF MATRIX METALLO PROTEINASE-8 (MET80 FORM)
要素
  • NEUTROPHIL COLLAGENASE
  • THREE RESIDUE PEPTIDE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / METALLOPROTEASE-INHIBITOR complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly ...neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / metalloendopeptidase activity / specific granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / tertiary granule lumen / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / : / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain ...Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil collagenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Gavuzzo, E. / Pochetti, G. / Mazza, F. / Gallina, C. / Gorini, B. / D'Alessio, S. / Pieper, M. / Tschesche, H. / Tucker, P.A.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2000
タイトル: Two crystal structures of human neutrophil collagenase, one complexed with a primed- and the other with an unprimed-side inhibitor: implications for drug design.
著者: Gavuzzo, E. / Pochetti, G. / Mazza, F. / Gallina, C. / Gorini, B. / D'Alessio, S. / Pieper, M. / Tschesche, H. / Tucker, P.A.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: X-RAY STRUCTURES OF HUMAN NEUTROPHIL COLLAGENASE COMPLEXED WITH PEPTIDE HYDROXAMATE AND PEPTIDE THIOL INHIBITORS. IMPLICATIONS FOR SUBSTRATE BINDING AND RATIONAL DRUG DESIGN
著者: Grams, F. / Reinemer, P. / Powers, J.C. / Kleine, T. / Pieper, M. / Tschesche, H. / Huber, R. / Bode, W.
#2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999
タイトル: Quantitative Structure-Activity Relationship of Human Neutrophil Collagenase (Mmp8-8) Inhibitors Using Comparative Molecular Field Analysis and X-Ray Structure Analysis
著者: Matter, H. / Schwab, W. / Barbier, D. / Billen, G. / Haase, B. / Neises, B. / Schudok, M. / Thorwart, W. / Schreuder, H. / Brachvogel, V. / Loenze, P. / Weithmann, K.U.
履歴
登録2001年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUTROPHIL COLLAGENASE
B: THREE RESIDUE PEPTIDE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8176
ポリマ－18,6062
非ポリマー2114
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area8080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.983, 68.673, 70.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NEUTROPHIL COLLAGENASE / MATRIX METALLOPROTEINASE-8 / MMP-8


分子量: 18111.744 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 80-242 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22894, neutrophil collagenase
#2: タンパク質・ペプチド THREE RESIDUE PEPTIDE INHIBITOR


分子量: 494.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The three residue peptide inhibitor was chemically synthesized
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, MES-NaOH, NaCl, CaCl2, ZnCl2, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
詳細: 2 micro litte of protein solution, 1 miro litter of inhibitor solution, and 5 micro litter of PEG solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
16 mg/mlprotein1drop
25 mM1dropCaCl2
3100 mM1dropNaCl
40.5 mM1dropZnCl2
53 mMMES-NaOH1drop
620 mMinhibitor1dropin 0.2 M MES-NaOH, 0.02 % NaN3, pH 6.0
710 %(v/v)PEG60001drop0.2 M MES-NaOH, 0.2 M MES-NaOH, 0.02 % NaN3, pH 6.0
82.0 Msodium phosphate1reservoir
90.02 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.84
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月21日
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.84 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 32394 / Num. obs: 30229 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 8.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 85.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 106034
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
SHELXL精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JAP

1jap


解像度: 1.4→10 Å / Num. parameters: 14472 / Num. restraintsaints: 17466 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 1508 10 %RANDOM
Rwork0.1341 ---
all0.1376 28619 --
obs0.1376 28619 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 1203 / Occupancy sum non hydrogen: 1589
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1314 0 4 281 1599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.307
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.152
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.022
LS精密化 シェル解像度: 1.4→10 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.194 1508
Rwork0.1341 -
obs-28619

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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