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- PDB-1i5k: STRUCTURE AND BINDING DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE-2 D... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 1i5k
タイトルSTRUCTURE AND BINDING DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN TO AN INTERNAL PEPTIDE FROM A GROUP A STREPTOCOCCAL SURFACE PROTEIN
要素
  • M PROTEIN
  • PLASMINOGEN
キーワードBLOOD CLOTTING / Human Plasminogen Kringle-2 / Kringles / VEK-30
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / protein antigen binding / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis ...plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / protein antigen binding / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis / Dissolution of Fibrin Clot / myoblast differentiation / negative regulation of cell-substrate adhesion / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / plasminogen activation / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / kinase binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / blood microparticle / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plasminogen ligand, VEK-30 / Plasminogen (Pg) ligand in fibrinolytic pathway / : / Streptococcal M proteins D repeats region profile. / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / Peptidase S1A, plasmin / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains ...Plasminogen ligand, VEK-30 / Plasminogen (Pg) ligand in fibrinolytic pathway / : / Streptococcal M proteins D repeats region profile. / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / Peptidase S1A, plasmin / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / YSIRK Gram-positive signal peptide / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen / Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rios-Steiner, J.L. / Schenone, M. / Mochalkin, I. / Tulinsky, A. / Castellino, F.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure and binding determinants of the recombinant kringle-2 domain of human plasminogen to an internal peptide from a group A Streptococcal surface protein.
著者: Rios-Steiner, J.L. / Schenone, M. / Mochalkin, I. / Tulinsky, A. / Castellino, F.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structure and ligand binding determinants of the recombinant kringle 5 domain of human plasminogen.
著者: Chang, Y. / Mochalkin, I. / McCance, S.G. / Cheng, B. / Tulinsky, A. / Castellino, F.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: The refined structure of the epsilon-aminocaproic acid complex of human plasminogen kringle 4.
著者: Wu, T.P. / Padmanabhan, K. / Tulinsky, A. / Mulichak, A.M.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Kringle 2 mediates high affinity binding of plasminogen to an internal sequence in streptococcal surface protein PAM.
著者: Wistedt, A.C. / Kotarsky, H. / Marti, D. / Ringdahl, U. / Castellino, F.J. / Schaller, J. / Sjobring, U.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Enhancement trough mutagenesis of the binding of the isolated kringle 2 domain of human plasminogen to omega-amino acid ligands and to an internal sequence of a Streptococcal surface protein.
著者: Nilsen, S.L. / Prorok, M. / Castellino, F.J.
履歴
登録2001年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASMINOGEN
B: PLASMINOGEN
C: M PROTEIN
D: M PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8204
ポリマ－26,8204
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.98, 91.98, 151.779
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-609-

HOH

詳細The assembly in the assymetric unit constitutes a dimer of the monomeric complex of a Kringle-2:vek30 complex.

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要素

#1: タンパク質 PLASMINOGEN


分子量: 9774.923 Da / 分子数: 2 / 断片: MODIFIED RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN / 変異: C4G/E56D/L72Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P00747, plasmin
#2: タンパク質・ペプチド M PROTEIN


分子量: 3635.021 Da / 分子数: 2 / 断片: VEK-30 (30 RESIDUE INTERNAL PEPTIDE) / 由来タイプ: 合成
詳細: VEK-30 was synthesized by automated solid phase peptide synthesis
参照: UniProt: P49054
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 23%(w/v) PEG 3350, 0.1 M Mes, 0.2 M Li2SO4, 2mM CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
123 %(w/v)PEG33501reservoir
20.1 MMES1reservoir
30.2 M1reservoirLi2SO4
42 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1.039 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月28日
放射モノクロメーター: Sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.039 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 74852 / Num. obs: 73280 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 11063 / % possible all: 84.3
反射
*PLUS
Num. obs: 11063 / Num. measured all: 74852
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Using K4 Pg (PDB entry 1PK4)

1pk4


解像度: 2.7→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 477 -Random
Rwork0.195 ---
all-9144 --
obs-8667 87.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1737 0 0 133 1870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONB rmsd for bonded main chain1.2
X-RAY DIFFRACTIONB rmsd for side chain atoms1.8
X-RAY DIFFRACTIONB rmsd for angle main chain2.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 1.5 / Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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