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万見
- PDB-1i5d: STRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH TNP-ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i5d
タイトルSTRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH TNP-ATP
要素CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / beta-alpha sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chemotaxis / phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / protein domain specific binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chemotaxis protein CheA, P2 response regulator-binding / Chemotaxis protein CheA, P2 response regulator-binding domain superfamily / P2 response regulator binding domain / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / : / CheW-like domain profile. ...Chemotaxis protein CheA, P2 response regulator-binding / Chemotaxis protein CheA, P2 response regulator-binding domain superfamily / P2 response regulator binding domain / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / : / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily / CheW-like domain / Two component signalling adaptor domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-128 / Chemotaxis protein CheA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bilwes, A.M. / Quezada, C.M. / Croal, L.R. / Crane, B.R. / Simon, M.I.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Nucleotide binding by the histidine kinase CheA.
著者: Bilwes, A.M. / Quezada, C.M. / Croal, L.R. / Crane, B.R. / Simon, M.I.
履歴
登録2001年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年9月23日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02026年4月15日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.type / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3364
ポリマ－21,4271
非ポリマー9093
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.190, 85.190, 73.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA / E.C.2.7.3.- / CHEMOTAXIS SENSOR HISTIDINE KINASE CHEA / CHEA


分子量: 21426.852 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN P4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q56310, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-128 / SPIRO(2,4,6-TRINITROBENZENE[1,2A]-2O',3O'-METHYLENE-ADENINE-TRIPHOSPHATE


分子量: 717.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N8O19P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: sodium acetate 0.1 M Ammonium sulfate 1.9 M, pH 4.7. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298 K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / PH range low: 4.9 / PH range high: 4.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150-80 mg/mlprotein1drop
210 mMnucleotide1drop
310 mM1dropMgCl2
41.8-2.0 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月17日
放射モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 7933 / Num. obs: 7933 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 85.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 2.9→3.04 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 99
反射
*PLUS
% possible obs: 99 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Mean I/σ(I) obs: 8

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B3Q

1b3q


解像度: 2.9→27.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Data cutoff high absF: 92361613.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 316 5.4 %RANDOM
Rwork0.263 ---
all0.263 7933 --
obs0.263 5811 90.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 103.9 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 89.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å20 Å20 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----2.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.75 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→27.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1455 0 56 47 1558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.891.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.122.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.097 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 20 4.2 %
Rwork0.419 452 -
obs--74.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TNP2.PARAMTNP2.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.4 % / Rfactor obs: 0.25 / Rfactor Rfree: 0.308
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 89.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.365 / % reflection Rfree: 4.2 % / Rfactor Rwork: 0.394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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