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- PDB-1i32: LEISHMANIA MEXICANA GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE IN C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i32
タイトルLEISHMANIA MEXICANA GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH INHIBITORS
要素GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme / dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycosome / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NMD / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Suresh, S. / Bressi, J.C. / Kennedy, K.J. / Verlinde, C.L.M.J. / Gelb, M.H. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Conformational changes in Leishmania mexicana glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase induced by designed inhibitors.
著者: Suresh, S. / Bressi, J.C. / Kennedy, K.J. / Verlinde, C.L. / Gelb, M.H. / Hol, W.G.
履歴
登録2001年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
B: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
C: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
D: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
E: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
F: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,14512
ポリマ－233,7216
非ポリマー3,4246
水11,836657
1
A: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
B: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
C: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
D: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,0968
ポリマ－155,8144
非ポリマー2,2824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19730 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area47420 Å2
手法PISA
2
E: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
F: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

E: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
F: GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,0968
ポリマ－155,8144
非ポリマー2,2824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.385, 394.105, 70.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE / GAPDH


分子量: 38953.504 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q27890, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-NMD / N-NAPHTHALEN-1-YLMETHYL-2'-[3,5-DIMETHOXYBENZAMIDO]-2'-DEOXY-ADENOSINE


分子量: 570.596 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H30N6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 657 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: PEG1000, 100mM TEA, 250mM NaCl, 5mM DTT, 1mM PMSF 15mM HEPES, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
215 mMHEPES1drop
3250 mM1dropNaCl
45 mMdithiothreitol1drop
51 mMPMSF1drop
634 mMinhibitor solution1drop
728 %(w/v)PEG10001reservoir
8100 mMTEA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月16日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→15 Å / Num. all: 65878 / Num. obs: 65878 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.18 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.65 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / % possible all: 71.7
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 407373
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.256 3233 random
Rwork0.205 --
all0.205 65878 -
obs0.205 65878 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16290 0 252 657 17199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.368 / Rfactor obs: 0.299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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