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- PDB-3dmt: Structure of Glycosomal Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dmt
タイトルStructure of Glycosomal Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Trypanosoma cruzi in complex with the irreversible iodoacetate inhibitor
要素(Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ACTIVE-SITE CARBOXYMETHYLATION / IRREVERSIBLE INHIBITOR COMPLEX / TRYPANOSOMA CRUZI / Glycolysis / Glycosome / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycosome / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Guido, R.V.C. / Balliano, T.L. / Andricopulo, A.D. / Oliva, G.
引用ジャーナル: Letters in drug design & discovery / 年: 2009
タイトル: Kinetic and Crystallographic Studies on Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Trypanosoma cruzi in Complex with Iodoacetate.
著者: Guido, R.V.C. / Balliano, T.L. / Andricopulo, A.D. / Oliva, G.
履歴
登録2008年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,2549
ポリマ－156,5084
非ポリマー2,7465
水18,1051005
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20290 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area45280 Å2
手法PISA
2
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5524
ポリマ－78,2252
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area26630 Å2
手法PISA
3
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7025
ポリマ－78,2832
非ポリマー1,4193
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area26640 Å2
手法PISA
4
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5524
ポリマ－78,2252
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area27370 Å2
手法PISA
5
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7025
ポリマ－78,2832
非ポリマー1,4193
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.755, 83.713, 105.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal / GAPDH


分子量: 39112.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLYCOSOMAL
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: TcGAP / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GAP-
参照: UniProt: P22513, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal / GAPDH


分子量: 39170.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: carboxymethylated Cys (CCS166)
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: TcGAP / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GAP-
参照: UniProt: P22513, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1005 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 18% PEG 8000, 0.1M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.425 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日
放射モノクロメーター: Si curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.425 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→38.9 Å / Num. all: 59362 / Num. obs: 58629 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.135 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K3T

1k3t


解像度: 2.3→38.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 7.156 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.575 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25166 2987 5.1 %RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.18956 55620 96.48 %-
all-59362 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.905 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.02 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10936 0 182 1005 12123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02211345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.96515422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6451432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76923.509456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.649151851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6421572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.27593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.27838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.21480
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6441.57223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.091211468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63834606
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5194.53954
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 218 -
Rwork0.193 3830 -
obs--91.65 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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