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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hzs
タイトルCrystal structure of a peptide nucleic acid duplex (BT-PNA) containing a bicyclic analogue of thymine
要素PEPTIDE NUCLEIC ACID
キーワードPEPTIDE NUCLEIC ACID / double helix / nucleobase analogue / P-form helix / left-handed / right-handed
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Eldrup, A.B. / Nielsen, B.B. / Haaima, G. / Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Christensen, C. / Nielsen, P.E.
引用
ジャーナル: Eur.J.Org.Chem. / 年: 2001
タイトル: 1,8-Naphthyridin-2(1H)-ones. Novel Bicyclic and Tricyclic Analogues of Thymine in Peptide Nucleic Acids (PNAs)
著者: Eldrup, A.B. / Nielsen, B.B. / Haaima, G. / Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Christensen, C. / Nielsen, P.E.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of a Peptide Nucleic Acid (PNA) Duplex at 1.7 A Resolution
著者: Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Nielsen, J.N. / Nielsen, J.M. / Nielsen, P.E.
#2: ジャーナル: New J.Chem. / 年: 1999
タイトル: Peptide Nucleic Acids (PNA) Derived from N-(N-methylaminoethyl)glycine. Synthesis, Hybridization and Structural Properties
著者: Haima, G. / Rasmussen, H. / Schmidt, G. / Jensen, D.K. / Kastrup, J.S. / Stafshede, P.W. / Norden, B. / Buchardt, O. / Nielsen, P.E.
履歴
登録2001年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ... BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). CHAINS A AND B BUILD A RIGHT-HANDED PNA DOUBLE HELIX AND CHAINS C AND D BUILD A LEFT-HANDED DOUBLE HELIX.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDE NUCLEIC ACID
B: PEPTIDE NUCLEIC ACID
C: PEPTIDE NUCLEIC ACID
D: PEPTIDE NUCLEIC ACID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9354
ポリマ－6,9354
非ポリマー00
水1,982110
1
A: PEPTIDE NUCLEIC ACID
B: PEPTIDE NUCLEIC ACID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4682
ポリマ－3,4682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PEPTIDE NUCLEIC ACID
D: PEPTIDE NUCLEIC ACID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4682
ポリマ－3,4682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.340, 45.000, 49.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細PNA double helix

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要素

#1: DNA鎖
PEPTIDE NUCLEIC ACID


分子量: 1733.858 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized as described in the primary reference
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 2-propanol, ammonium sulphate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
12-propanol11
2ammonium sulphate11
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
20.6 Mammonium sulfate1reservoir
35 %2-propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月18日 / 詳細: segmental toroidal mirror
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→30 Å / Num. all: 6245 / Num. obs: 6233 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.82→1.84 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 169 / % possible all: 81.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PUP

1pup


解像度: 1.82→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: own target values / 詳細: OWN PARAMETER AND TOPOLOGY FILE CREATED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 455 10 %random
Rwork0.208 ---
all-6024 --
obs-4196 --
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数516 0 0 110 626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.9 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 41 10 %
Rwork0.241 281 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.269
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.6
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.266 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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