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- PDB-1rru: The influence of a chiral amino acid on the helical handedness of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rru
タイトルThe influence of a chiral amino acid on the helical handedness of PNA in solution and in crystals
要素Peptide Nucleic Acid, (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-LYS-NH2)
キーワードPEPTIDE NUCLEIC ACID / PNA / L-Lysine / helical handedness / P-form / molecular mechanics
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Rasmussen, H. / Liljefors, T. / Petersson, B. / Nielsen, P.E. / Kastrup, J.S.
引用
ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2004
タイトル: The Influence of a Chiral Amino Acid on the Helical Handedness of PNA in Solution and in Crystals
著者: Rasmussen, H. / Liljefors, T. / Petersson, B. / Nielsen, P.E. / Kastrup, J.S.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of a peptide nucleic acid (PNA) duplex at 1.7 A resolution
著者: Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Nielsen, J.N. / Nielsen, J.M. / Nielsen, P.E.
#2: ジャーナル: New J.Chem. / 年: 1999
タイトル: Peptide nucleic acids (PNA) derived from N-(N-methylaminoethyl) glycine. Synthesis, hybridization and structural properties
著者: Haiima, G. / Rasmussen, H. / Schmidt, G. / Jensen, D.K. / Kastrup, J.S. / Stafshede, P.W. / Norden, B. / Buckhardt, O. / Nielsen, P.E.
#3: ジャーナル: Eur.J.Org.Chem. / 年: 2001
タイトル: 1,8-Naphthyridin-2(1H)-ones. Novel bi- and tricyclic analogues of Thymine in Peptide nucleic acids (PNA)
著者: Eldrup, A.B. / Nielsen, B.B. / Haiima, G. / Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Christensen, C. / Nielsen, P.E.
履歴
登録2003年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年8月28日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / struct_biol / struct_conn
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide Nucleic Acid, (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-LYS-NH2)
B: Peptide Nucleic Acid, (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-LYS-NH2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4302
ポリマ－3,4302
非ポリマー00
水50428
1
A: Peptide Nucleic Acid, (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-LYS-NH2)

A: Peptide Nucleic Acid, (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-LYS-NH2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4302
ポリマ－3,4302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
2
B: Peptide Nucleic Acid, (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-LYS-NH2)

B: Peptide Nucleic Acid, (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-LYS-NH2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4302
ポリマ－3,4302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)36.75, 44.07, 31.22
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 Peptide Nucleic Acid, (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-LYS-NH2) / PNA


分子量: 1714.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: glycerol, magnesium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1glycerol11
2magnesium formate11
3H2O11
4magnesium formate12
5H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→25 Å / Num. all: 2069 / Num. obs: 2069 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 92 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PUP

1pup


解像度: 2.35→6 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: troughout / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Own parameter and topology file created
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 129 -random
Rwork0.219 ---
all-1955 --
obs-1453 74 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数254 0 0 28 282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.45 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.366 15
Rwork0.321 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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