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- PDB-1hzm: STRUCTURE OF ERK2 BINDING DOMAIN OF MAPK PHOSPHATASE MKP-3: STRUC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hzm
タイトルSTRUCTURE OF ERK2 BINDING DOMAIN OF MAPK PHOSPHATASE MKP-3: STRUCTURAL INSIGHTS INTO MKP-3 ACTIVATION BY ERK2
要素DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 6
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of heart growth / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / response to nitrosative stress / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / response to growth factor / ERKs are inactivated ...regulation of heart growth / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / response to nitrosative stress / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / response to growth factor / ERKs are inactivated / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / negative regulation of MAPK cascade / ERK1 and ERK2 cascade / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Negative regulation of MAPK pathway / MAPK cascade / cell differentiation / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / signal transduction / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Rhodanese Homology Domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Rhodanese-like domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Rhodanese Homology Domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dual specificity protein phosphatase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Farooq, A. / Zhou, M.-M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Solution structure of ERK2 binding domain of MAPK phosphatase MKP-3: structural insights into MKP-3 activation by ERK2.
著者: Farooq, A. / Chaturvedi, G. / Mujtaba, S. / Plotnikova, O. / Zeng, L. / Dhalluin, C. / Ashton, R. / Zhou, M.M.
履歴
登録2001年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4251
ポリマ－17,4251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 6 / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE PHOSPHATASE 3 / MAP KINASE PHOSPHATASE 3 / MKP-3


分子量: 17424.748 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q16828, protein-tyrosine-phosphatase, protein-serine/threonine phosphatase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 1H/15N-HSQC, HNCA, HN(CO)CA, HN(CA)CB, HN(COCA)CB, (H)C(CO)NH-TOCSY, 1H/15N-TOCSY, 1H/15N-NOESY, (H)CCH-TOCSY, 1H/13C-NOESY, HNHA-J

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試料調製

詳細内容: UREA, NACL, IMIDAZOLE, DTT
試料状態イオン強度: 200mM / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称分類
XPLOR-ARIA構造決定
XPLOR-ARIA精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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