[日本語] English
万見
- PDB-1hyk: AGOUTI-RELATED PROTEIN (87-132) (AC-AGRP(87-132)) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hyk
タイトルAGOUTI-RELATED PROTEIN (87-132) (AC-AGRP(87-132))
要素AGOUTI RELATED PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / CYSTEINE RICH / DISULFIDE BOND / ICK / INHIBITOR CYSTINE KNOT / MELANOCORTIN ANTAGONISTS / AGOUTI / AGOUTI-RELATED / AGRP / ENDOGENOUS ANTAGONIST
機能・相同性
機能・相同性情報


long-day photoperiodism / type 1 melanocortin receptor binding / positive regulation of feeding behavior / adult feeding behavior / regulation of feeding behavior / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / eating behavior / neuropeptide signaling pathway / maternal process involved in female pregnancy ...long-day photoperiodism / type 1 melanocortin receptor binding / positive regulation of feeding behavior / adult feeding behavior / regulation of feeding behavior / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / eating behavior / neuropeptide signaling pathway / maternal process involved in female pregnancy / hormone-mediated signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / response to insulin / circadian rhythm / Golgi lumen / signaling receptor binding / neuronal cell body / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Agouti Related Protein; Chain A / Agouti domain / Agouti / Agouti domain / Agouti domain superfamily / Agouti protein / Agouti domain profile. / Agouti domain signature. / Agouti protein / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Agouti-related protein
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Bolin, K.A. / Anderson, D.J. / Trulson, J.A. / Thompson, D.A. / Wilken, J. / Kent, S.B.H. / Millhauser, G.L.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: NMR structure of a minimized human agouti related protein prepared by total chemical synthesis.
著者: Bolin, K.A. / Anderson, D.J. / Trulson, J.A. / Thompson, D.A. / Wilken, J. / Kent, S.B. / Gantz, I. / Millhauser, G.L.
#1: ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 1999
タイトル: Characterization of Agouti-Related Protein Binding to Melanocortin Receptors.
著者: Yang, Y.K. / Thompson, D.A. / Dickinson, C.J. / Wilken, J. / Barsh, G.S. / Kent, S.B. / Gantz, I.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Determination of Disulfide Structure in Agouti-Related Protein (Agrp) by Stepwise Reduction and Alkylation
著者: Bures, E.J. / Hui, J.O. / Young, Y. / Chow, D.T. / Katta, V. / Rohde, M.F. / Zeni, L. / Rosenfeld, R.D. / Stark, K.L. / Haniu, M.
履歴
登録2001年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2001年2月7日ID: 1QU8
改定 1.02001年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AGOUTI RELATED PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2071
ポリマ－5,2071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / 40see refinement method and details
代表モデルモデル #10lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド AGOUTI RELATED PROTEIN


分子量: 5207.157 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN AC-AGRP(87-132) / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is the native sequence for the cystine-rich C-terminal domain of the human agouti-related protein. The N-terminal acetylation at residue 87 (the first residue of the sequence) ...詳細: This sequence is the native sequence for the cystine-rich C-terminal domain of the human agouti-related protein. The N-terminal acetylation at residue 87 (the first residue of the sequence) is non-native and done only to prevent a non-native positively charged amino terminus in the synthetic fragment. Synthesis was by means of standard BOC-based solid-phase peptide synthesis followed by refolding and oxidation of cysteines to cystines.
参照: UniProt: O00253

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-NOESY
121DQF-COSY
131E-COSY
NMR実験の詳細Text: STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES WERE USED TO ASSIGN SPECTRA ACQUIRED OVER THE TEMPERATURE RANGE 288- 303 K. A SUBSET OF UNAMBIGUOUSLY ASSIGNED NOE PEAKS TAKEN FROM DATA ACQUIRED AT 288 K ...Text: STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES WERE USED TO ASSIGN SPECTRA ACQUIRED OVER THE TEMPERATURE RANGE 288- 303 K. A SUBSET OF UNAMBIGUOUSLY ASSIGNED NOE PEAKS TAKEN FROM DATA ACQUIRED AT 288 K WITH AN 150 MS MIXING TIME WERE USED IN STRUCTURE CALCULATIONS, AS WERE 34 PHI BACKBONE ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM FITTING OF DQF- COSY CROSSPEAKS. BOTH CARRIER PRESATURATION AND Z- GRADIENT WET TECHNIQUES WERE USED FOR SOLVENT SUPPRESSION. New experiments from 1qu8 are E-COSY at 500 MHz and 150 msec 2D-NOESY at 800 MHz, 288K.

-
試料調製

詳細内容: 1.9 MM Ac-AGRP(87-132) (same as 1.9 MM MARP of 1qu8)
溶媒系: 50 MM PHOSPHATE BUFFER PH 5.0 (pH is changed from pH=4.2 in 1qu8)
試料状態イオン強度: 50mM PHOSPHATE / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 288.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1A.T.BRUNGER, P.D.ADAMS, G.M.CLORE, W.L.DELANO, P.GROS, R.W.GROSSE-KUNSTLEVE, J.-S.JIANG, J.KUSZEWSKI, M.NILGES, N.S.PANNU, R.J.READ, L.M.RICE, T.SIMONSON, G.L.WARREN精密化
VNMR5.2F. Vosman, D. Iverson, S. Patt, S. Chetham, R. Lasater, P. Hornung, G. Brissey, E. Williams, B. John, C. H. Yoder, B. L. Buckwaltercollection
MNMR940501M. Kjear, K.V. Andersoen, C. Rischel解析
XEASY1.2T. Xia, C. Bartelsデータ解析
DYANA1.5P. Guntert, C. Mumenthaler, T. Herrmann構造決定
PROCHECK3.4.4Laskowski R. A., MacArthur M. W., Moss D. S., Thornton J. M., Rullmann J. A. C.解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The preliminary structure calculation and restraint quality assessment was performed in DYANA v 1.5, so that out of 200 structures the 20 with the lowest target functions would have target ...詳細: The preliminary structure calculation and restraint quality assessment was performed in DYANA v 1.5, so that out of 200 structures the 20 with the lowest target functions would have target function vaules of < 3.0 square angstroms. The lowest target function structure of this family was then submitted as a pre-folded structure in CNS v. 1.0, and 40 structures calculated under cool (< 288K) simulated annealing and conjugate gradient energy minimization. These calculations were carried out in the presence of experimnetal NOE and J-coupling restraints as well as assigned hydrogen bonds consistent with HX protection. DYANA 1.5: 799 unique NOE's from 800 MHz data, 444 resulting distance restraints after pseudoatom calculation/replacement and removal of NOE's between atoms separated by only two or three bonds. 35 alpha-H to amide-H 3-bond J-coupling constants and 44 alpha-H to beta-H 3-bond J-coupling constants from ECOSY data were also included. Disulfides and seven hydrogen bonds as determinied from surrounding NOE's and HX data were included as pseudo-NOE restraints. CNS 1.0, patch level 0: 504 distance restraints from 800 MHz NOE data, corresponding to the same upper limit restraints as used in the final round of DYANA 1.5 calulations (conversion using AQUA 2.0 in PROCHECK_NMR, and modified lower limit of 1.6 angstroms was imposed on all NOE restraints while keeping upper bounds). Disulfide map was incorporated into the covalent structure of the molecule and thereby strictly enforced in this step. The seven hydrogen bonds were included in a separate restraint file. 34 alpha-H to amide-H 3-bond J-coupling constants (not including CYS-87 amide mesurement) were also included. 40 structures were so calculated and all are deposited here.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: see refinement method and details
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 40

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る