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万見
- PDB-1hxp: NUCLEOTIDE TRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hxp
タイトルNUCLEOTIDE TRANSFERASE
要素HEXOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
キーワードNUCLEOTIDYL TRANSFERASE / METALLOENZYME / GALACTOSEMIA / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR)
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose-hexose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose:hexose-1-phosphate uridylyltransferase activity / galactokinase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / ferrous iron binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galactose-1-phosphate uridyl transferase, class I His-active site / Galactose-1-phosphate uridyl transferase family 1 active site signature. / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, N-terminal / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, C-terminal / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, N-terminal domain / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, C-terminal domain / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, class I / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily ...Galactose-1-phosphate uridyl transferase, class I His-active site / Galactose-1-phosphate uridyl transferase family 1 active site signature. / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, N-terminal / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, C-terminal / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, N-terminal domain / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, C-terminal domain / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, class I / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / : / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Galactose-1-phosphate uridylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wedekind, J.E. / Frey, P.A. / Rayment, I.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Three-dimensional structure of galactose-1-phosphate uridylyltransferase from Escherichia coli at 1.8 A resolution.
著者: Wedekind, J.E. / Frey, P.A. / Rayment, I.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Galactose-1-Phosphate Uridylyltransferase from Escherichia Coli, a Zinc and Iron Metalloenzyme
著者: Ruzicka, F.J. / Wedekind, J.E. / Kim, J. / Rayment, I. / Frey, P.A.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Galactose-1-Phosphate Uridylyltransferase from Escherichia Coli
著者: Wedekind, J.E. / Frey, P.A. / Rayment, I.
履歴
登録1995年6月9日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEXOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
B: HEXOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,67512
ポリマ－79,3912
非ポリマー1,28310
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9320 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.600, 217.200, 69.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.94411, -0.01072, 0.32945), (-0.01135, -0.99994), (0.32943, -0.00374, -0.94417)
ベクター: -10.37684, 159.46695, 66.34219)
詳細THE CRYSTALLOGRAPHICALLY INDEPENDENT UNIT IS ONE DIMER OF CHEMICALLY IDENTICAL SUBUNITS.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HEXOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE / ALPHA-D-GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE


分子量: 39695.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE-UMP/UDP COMPLEX
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: PET VECTOR SYSTEM / 細胞株: BL21 / 遺伝子: GALT / プラスミド: PTZ18ROT / 遺伝子 (発現宿主): GALT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) (PLYSS) / 参照: UniProt: P09148, EC: 2.7.7.10

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非ポリマー , 6種, 479分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#6: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THIS ENTRY REPRESENTS THE STRUCTURE OF GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH UMP ...THIS ENTRY REPRESENTS THE STRUCTURE OF GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH UMP AND UDP. ATTENUATION OR DEFICIENCY OF THIS ENZYME RESULTS IN GALACTOSEMIA. THE PRESENT POSITION OF THE NUCLEOTIDE ALPHA PHOSPHORUS PRECLUDES THE ABILITY OF THE NUCLEOPHILE HIS 166 TO REACT. THIS INACTIVE CONFORMATION HAS BEEN ADOPTED DUE TO THE COVALENT MODIFICATION OF CYSTEINE 160 BY 2-MERCAPTOETHANOL. THE TURN CONTAINING CYS 52 AND CYS 55 OF THE ZINC BINDING MOTIF RESEMBLES THE RUBREDOXIN KNUCKLE.
非ポリマーの詳細THE NUCLEOTIDE BINDS PERPENDICULARLY TO STRANDS B(ETA)-3, B(ETA)-6, B(ETA)-7 AND B(ETA)-8 OF THE ...THE NUCLEOTIDE BINDS PERPENDICULARLY TO STRANDS B(ETA)-3, B(ETA)-6, B(ETA)-7 AND B(ETA)-8 OF THE HALF-BARREL. THE IRON BINDING SITE HAS BEEN IDENTIFIED BY ITS ANOMALOUS DISPERSION SIGNAL. THE METAL COMPOSITION OF THIS ENZYME HAS BEEN REPORTED IN RUZICKA ET AL., 1995. MOST LIKELY THE IRON SITE CONTAINS A MIXTURE OF ZINC AND IRON. THERE IS NO CONFORMATIONAL DISORDER. THE OCCUPANCY OF IRON HAS BEEN MODELED AS UNITY AT THE FRN SITE. THE OXIDATION STATE OF THE ZINC OF (II) IS MOST LIKELY. THE IRON SITE IS LIKELY TO BE PREDOMINANTLY IN THE (III) STATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NUMBER OF OBSERVED REFLECTIONS = 169713
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 5.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
117.5-23 mg/mlprotein1drop
214.5 %(v/v)PEG100001reservoir
3400 mM1reservoirLi2SO4
4250 mM1reservoirNaCl
54 mMphenyl-UDP1reservoir
61 mM1reservoirNaN3

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データ収集

検出器日付: 1993
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 68553 / % possible obs: 82 % / Num. measured all: 169713 / Rmerge(I) obs: 0.022
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.94 Å / % possible obs: 70 % / Num. unique obs: 11827 / Num. measured obs: 31548 / Rmerge(I) obs: 0.096

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
DENZOデータ削減
XSCALIBREデータスケーリング
精密化解像度: 1.8→50 Å / σ(F): 0
詳細: DESPITE THE PRESENCE OF THE NUCLEOTIDE PHOSPHATE(S) THE LOOP REGION ADJACENT TO THE ACTIVE SITE FROM GLY 159 THROUGH ASN 162 EXHIBITS UNUSUALLY HIGH TEMPERATURE FACTORS.
Rfactor反射数
obs0.186 68553
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5354 0 66 469 5889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.254
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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