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- PDB-1hv5: CRYSTAL STRUCTURE OF THE STROMELYSIN-3 (MMP-11) CATALYTIC DOMAIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hv5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE STROMELYSIN-3 (MMP-11) CATALYTIC DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPHINIC INHIBITOR
要素STROMELYSIN 3
キーワードHYDROLASE / stromelysin-3 / inhibition / phosphinic inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Degradation of the extracellular matrix / basement membrane organization / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / collagen fibril organization / negative regulation of fat cell differentiation / collagen catabolic process / extracellular matrix organization / extracellular matrix ...Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Degradation of the extracellular matrix / basement membrane organization / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / collagen fibril organization / negative regulation of fat cell differentiation / collagen catabolic process / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain ...Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RXP / Stromelysin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gall, A.L. / Ruff, M. / Kannan, R. / Cuniasse, P. / Yiotakis, A. / Dive, V. / Rio, M.C. / Basset, P. / Moras, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the stromelysin-3 (MMP-11) catalytic domain complexed with a phosphinic inhibitor mimicking the transition-state.
著者: Gall, A.L. / Ruff, M. / Kannan, R. / Cuniasse, P. / Yiotakis, A. / Dive, V. / Rio, M.C. / Basset, P. / Moras, D.
履歴
登録2001年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STROMELYSIN 3
B: STROMELYSIN 3
C: STROMELYSIN 3
D: STROMELYSIN 3
E: STROMELYSIN 3
F: STROMELYSIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,97742
ポリマ－114,4046
非ポリマー12,57236
水38,4802136
1
A: STROMELYSIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1637
ポリマ－19,0671
非ポリマー2,0956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: STROMELYSIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1637
ポリマ－19,0671
非ポリマー2,0956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: STROMELYSIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1637
ポリマ－19,0671
非ポリマー2,0956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: STROMELYSIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1637
ポリマ－19,0671
非ポリマー2,0956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: STROMELYSIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1637
ポリマ－19,0671
非ポリマー2,0956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: STROMELYSIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1637
ポリマ－19,0671
非ポリマー2,0956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.100, 148.500, 91.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
STROMELYSIN 3 / E.C.3.4.24.- / MATRIX METALLOPROTEINASE 11 / MMP-11 / ST3 / SL-3


分子量: 19067.387 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: STRO3 (101-264) / プラスミド: PET 3B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q02853, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

-
非ポリマー , 5種, 2172分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-RXP / 1-BENZYLOXYCARBONYLAMINO-2-PHENYL-ETHYL)-{2-[1-CARBAMOYL-2-(1H-INDOL-3-YL)-ETHYLCARBAMOYL]-5-PHENYL-PENTYL}-PHOSPHINIC ACID / RXP03-SS


分子量: 694.756 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H43N4O6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Ammonium sulfate, CHAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at pH 5.5 at 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
20.25 mMphosphinic inhibitor RXP031drop
350 mMMES1drop
4500 mMammonium sulfate1drop
550 mMMES1reservoir
6500 mMammonium sulfate1reservoir
71 %(v/v)trifluoroethanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 220 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 57370 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Net I/σ(I): 19.96
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.119

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2225596.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 5828 10.2 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 57370 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.01 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.5 Å20 Å20 Å2
2--7.28 Å20 Å2
3---0.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7990 0 646 2136 10772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.011.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.172.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 883 9.8 %
Rwork0.263 8098 -
obs--92.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CHAPS_ALL.PARCHAPS_ALL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4RXPO3.PARRXPO3.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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