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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1huy | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CITRINE, AN IMPROVED YELLOW VARIANT OF GREEN FLUORESCENT PROTEIN | ||||||
要素 | GREEN FLUORESCENT PROTEIN | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN / beta barrel / chromophore | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Griesbeck, O. / Baird, G.S. / Campbell, R.E. / Zacharias, D.A. / Tsien, R.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Reducing the environmental sensitivity of yellow fluorescent protein. Mechanism and applications 著者: Griesbeck, O. / Baird, G.S. / Campbell, R.E. / Zacharias, D.A. / Tsien, R.Y. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN THE HET RESIDUE CRO IS FORMED FROM AN AUTOCATALYTIC POST-TRANSLATIONAL CYCLIZATION, ...HETEROGEN THE HET RESIDUE CRO IS FORMED FROM AN AUTOCATALYTIC POST-TRANSLATIONAL CYCLIZATION, DEHYDRATION, AND OXIDATION OF RESIDUES GLY 65, TYR 66, AND GLY 67, RESULTING IN A COVALENTLY LINKED GREEN CHROMOPHORE. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE RESIDUES GLY65, TYR66, AND GLY67 ARE NOT PRESENT IN THE ENTRY. INSTEAD THEY ARE REPLACED ...SEQUENCE RESIDUES GLY65, TYR66, AND GLY67 ARE NOT PRESENT IN THE ENTRY. INSTEAD THEY ARE REPLACED WITH CRO66. The GFP chromophore (CRO) is formed from cyclization of the main chain of residues Gly65, Tyr66, and Gly67. A subsequent oxidation of the Tyr66 side chain yields the mature chromophore. The N-terminal addition of an Asp and a Pro residue results from Enterokinase catalyzed cleavage of a His tag that facilitated purification. Val 1A is inserted to improve expression in mammalian systems. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1huy.cif.gz | 61.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1huy.ent.gz | 44.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1huy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1huy_validation.pdf.gz | 431.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1huy_full_validation.pdf.gz | 433.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1huy_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1huy_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/1huy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/1huy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2yfpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27319.883 Da / 分子数: 1 / 変異: S65G, V68L, Q69M, S72A, T203Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: PRSETB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P42212 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 50 mM NH4OAc, 50 mM NaOAc, 8% PEG 3400, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月17日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 12193 / Num. obs: 12106 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 32.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / Num. unique all: 1181 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 28.3 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Num. unique obs: 1181 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2YFP 解像度: 2.2→28.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1263802.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.57 Å2 / ksol: 0.3133 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.26 / % reflection Rfree: 11.9 % / Rfactor Rwork: 0.195 |