[日本語] English
万見
- PDB-1hsa: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF HLA-B27 AT 2.1 ANGSTROMS RESOL... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hsa
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF HLA-B27 AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION SUGGESTS A GENERAL MECHANISM FOR TIGHT PEPTIDE BINDING TO MHC
要素
  • BETA 2-MICROGLOBULIN
  • CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-B*2705)
  • MODEL PEPTIDE SEQUENCE - ARAAAAAAA
キーワードHISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / : ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / : / : / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Madden, D.R. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1992
タイトル: The three-dimensional structure of HLA-B27 at 2.1 A resolution suggests a general mechanism for tight peptide binding to MHC.
著者: Madden, D.R. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: The Structure of Hla-B27 Reveals Nonamer Self-Peptides Bound in an Extended Conformation
著者: Madden, D.R. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Identification of Self Peptides Bound to Purified Hla-B27
著者: Jardetzky, T.S. / Lane, W.S. / Robinson, R.A. / Madden, D.R. / Wiley, D.C.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Human Major Histocompatibility Antigen Hla-B27
著者: Gorga, J.C. / Madden, D.R. / Prendergast, J.K. / Wiley, D.C. / Strominger, J.L.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Structure of the Human Histocompatibility Antigen Hla-A2 at 2.6 Angstroms Resolution
著者: Saper, M.A. / Bjorkman, P.J. / Wiley, D.C.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Specificity Pockets for the Side Chains of Peptide Antigens in Hla-Aw68
著者: Garrett, T.P.J. / Saper, M.A. / Bjorkman, P.J. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Structure of the Human Class I Histocompatibility Antigen, Hla-A2
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: The Foreign Antigen Binding Site and T Cell Recognition Regions of Class I Histocompatibility Antigens
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Studies on the Histocompatibility Antigens Hla-A2 and Hla-A28 from Human Cell Membranes
著者: Bjorkman, P.J. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
履歴
登録1992年8月11日処理サイト: BNL
改定 1.01992年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET SHEETS 2 AND 4 EACH HAVE ONE STRAND THAT IS BIFURCATED. THIS IS REPRESENTED BY PRESENTING THE ...SHEET SHEETS 2 AND 4 EACH HAVE ONE STRAND THAT IS BIFURCATED. THIS IS REPRESENTED BY PRESENTING THE SHEETS TWICE (DESIGNATED SHEETS SB1, SB2 AND SD1, SD2 RESPECTIVELY) WHERE THE TWO REPRESENTATIONS DIFFER IN THEIR LAST STRAND.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-B*2705)
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
C: MODEL PEPTIDE SEQUENCE - ARAAAAAAA
D: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-B*2705)
E: BETA 2-MICROGLOBULIN
F: MODEL PEPTIDE SEQUENCE - ARAAAAAAA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8406
ポリマ－88,8406
非ポリマー00
水7,927440
1
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-B*2705)
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
C: MODEL PEPTIDE SEQUENCE - ARAAAAAAA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4203
ポリマ－44,4203
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
2
D: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-B*2705)
E: BETA 2-MICROGLOBULIN
F: MODEL PEPTIDE SEQUENCE - ARAAAAAAA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4203
ポリマ－44,4203
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.100, 69.800, 81.100
Angle α, β, γ (deg.)80.30, 88.60, 89.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 210, PRO B 32, PRO D 210 AND PRO E 32 ARE CIS PROLINES.
2: SIDE CHAIN ATOMS OF ARG A 108, LYS A 268, LYS B 58 AND ARG D 108, LYS D 268, LYS E 58 ARE DISORDERED, AND HAVE OCCUPANCIES EQUAL TO ZERO IN THIS ENTRY.
3: THESE SOLVENT MOLECULES ARE LOCATED WITHIN THE PEPTIDE-BINDING SITE OF COMPLEX 1.
4: THESE SOLVENT MOLECULES ARE LOCATED WITHIN THE PEPTIDE-BINDING SITE OF COMPLEX 2.

-
要素

#1: タンパク質 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-B*2705)


分子量: 31928.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03989, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 BETA 2-MICROGLOBULIN


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド MODEL PEPTIDE SEQUENCE - ARAAAAAAA


分子量: 743.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS WERE MADE BY USE OF THE PROCEDURE OF W. KABSCH AND C. SANDER ...SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS WERE MADE BY USE OF THE PROCEDURE OF W. KABSCH AND C. SANDER (PROGRAM *DSSP*). THE FINAL MODEL REPORTED IN THE PAPER CITED ON JRNL RECORDS ABOVE INCLUDED A PEPTIDE MODEL WITH SEQUENCE ARAAAAAAA. AN ADDITIONAL MODEL (SEQUENCE RRIKAITLK) WAS SEPARATELY REFINED AND IS DISCUSSED IN THE SAME PUBLICATION BUT IS NOT INCLUDED IN THIS ENTRY.
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化詳細: THE FRAGMENT CRYSTALLIZED WAS THE EXTRACELLULAR PORTION OF THE PROTEIN CLEAVED FROM DETERGENT MICELLES WITH PAPAIN
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
124 %polyethylen glycol 33501reservoir
2250 mMsodium acetate1reservoir
3100 mMTris1reservoir
425 mMMES1reservoir
50.1 %sodium azide1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 10 Å / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.077

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.203 / Rfactor obs: 0.203 / 最高解像度: 2.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6266 0 0 440 6706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 5.5 Å / Rfactor obs: 0.203 / Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.203
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.8
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.86
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.41

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る