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- PDB-1hrv: HRV14/SDZ 35-682 COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hrv
タイトルHRV14/SDZ 35-682 COMPLEX
要素
  • HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
  • HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
  • HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
  • HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
キーワードVIRUS / ANTIVIRAL AGENTS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SDZ / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Oren, D.A. / Zhang, A. / Arnold, E.
引用
ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 1995
タイトル: SDZ 35-682, a new picornavirus capsid-binding agent with potent antiviral activity.
著者: Rosenwirth, B. / Oren, D.A. / Arnold, E. / Kis, Z.L. / Eggers, H.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Structure Determination of Antiviral Compound Sch 38057 Complexed with Human Rhinovirus 14
著者: Zhang, A. / Nanni, R.G. / Li, T. / Arnold, G.F. / Oren, D.A. / Jacobo-Molina, A. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Rubenstein, D.A. / Li, Y. / Rozhon, E. / Cox, S. / Buontempo, P. / O'Connell, J. ...著者: Zhang, A. / Nanni, R.G. / Li, T. / Arnold, G.F. / Oren, D.A. / Jacobo-Molina, A. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Rubenstein, D.A. / Li, Y. / Rozhon, E. / Cox, S. / Buontempo, P. / O'Connell, J. / Schwartz, J. / Miller, G. / Bauer, B. / Versace, R. / Pinto, P. / Ganguly, A. / Girijavallabhan, V. / Arnold, E.
#2: ジャーナル: Semin.Virol. / 年: 1992
タイトル: Three-Dimensional Structure-Activity Relationships for Antiviral Agents that Interact with Picornavirus Capsids
著者: Zhang, A. / Nanni, R.G. / Oren, D.A. / Rozhon, E.J. / Arnold, E.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Analysis of the Structure of a Common Cold Virus, Human Rhinovirus 14, Refined at a Resolution of 3.0 Angstroms
著者: Arnold, E. / Rossmann, M.G.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1988
タイトル: The Use of Molecular-Replacement Phases for the Refinement of the Human Rhinovirus 14 Structure
著者: Arnold, E. / Rossmann, M.G.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses
著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.-J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G.
履歴
登録1995年3月2日処理サイト: BNL
改定 1.01995年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年1月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年3月15日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_remark
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8785
ポリマ－94,4834
非ポリマー3961
水00
1
1: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,692,684300
ポリマ－5,668,952240
非ポリマー23,73260
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 474 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,39025
ポリマ－472,41320
非ポリマー1,9785
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 569 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)569,26830
ポリマ－566,89524
非ポリマー2,3736
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.9 MDa, 80 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,897,561100
ポリマ－1,889,65180
非ポリマー7,91120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)445.100, 445.100, 445.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 2 83
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.46428249, -0.82990465, 0.30935523), (0.84439659, 0.30935523, -0.43737202), (0.26727602, 0.46428249, 0.84439659)0.18336, 0.04923, -0.09998
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11generate(-0.49113956, -0.7898572, -0.36729797), (0.85843766, -0.36729797, -0.35801899), (0.14787594, -0.49113956, 0.85843766)0.45972, 0.15048, 0.08416
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16generate(-0.2434001, 0.5926246, 0.7678235), (0.53635794, 0.74181712, -0.40252706), (-0.80813188, 0.31385302, -0.49841714)-0.02032, 0.02159, 0.34591
17generate(0.5926246, 0.74181712, 0.31385302), (0.7678235, -0.40252706, -0.49841714), (-0.2434001, 0.53635794, -0.80813188)-0.11254, 0.1967, 0.26302
18generate(0.98541842, -0.11662042, 0.12389799), (-0.11662042, -0.99315013, -0.00727745), (0.12389799, -0.00727745, -0.99226854)0.00127, 0.3675, 0.32559
19generate(0.39215364, -0.79635651, 0.46046981), (-0.89470238, -0.21383107, 0.39215364), (-0.21383107, -0.56576752, -0.79635651)0.16382, 0.29795, 0.44716
20generate(-0.36729797, -0.35801899, 0.85843766), (-0.49113956, 0.85843766, 0.14787594), (-0.7898572, -0.36729797, -0.49113956)0.15048, 0.08416, 0.45972

-
要素

#1: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)


分子量: 32560.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303
#2: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)


分子量: 28501.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303
#3: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)


分子量: 26236.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303
#4: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)


分子量: 7183.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303
#5: 化合物 ChemComp-SDZ / 1-[2-HYDROXY-3-(4-CYCLOHEXYL-PHENOXY)-PROPYL]-4-(2-PYRIDYL)-PIPERAZINE


分子量: 395.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H33N3O2
由来についての詳細MOLECULE_NAME: HRV14. GROWN IN HELA CELLS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶解説: OSCILLATION RANGE 0.3 DEGREES, DISTANCE=100 AND 168 MM
結晶化詳細: 3-4 CRYSTALS SOAKED IN 200 MICROLITER DROPS OF SDZ 35-682 (5 MICROGRAM/ML).
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.005 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
30.25-0.75 %(w/v)PEG80001drop

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンCHESS A11
シンクロトロンCHESS F12
検出器
ID検出器日付
1FILM1990年6月1日
2FILM1991年1月1日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Rmerge(I) obs: 0.123
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 60785 / Observed criterion σ(F): 3 / Num. measured all: 78617

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFIIN O精密化
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータ削減
Oモデル構築
精密化最高解像度: 3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6268 0 58 0 6326

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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