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- PDB-1hre: SOLUTION STRUCTURE OF THE EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE DOMAIN OF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hre
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE DOMAIN OF HEREGULIN-ALPHA, A LIGAND FOR P180ERB4
要素HEREGULIN ALPHA
キーワードGROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


ERBB3 signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / sequestering of metal ion / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / ventricular cardiac muscle cell differentiation / positive regulation of striated muscle cell differentiation / negative regulation of secretion / endocardial cell differentiation / animal organ development ...ERBB3 signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / sequestering of metal ion / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / ventricular cardiac muscle cell differentiation / positive regulation of striated muscle cell differentiation / negative regulation of secretion / endocardial cell differentiation / animal organ development / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / neural crest cell development / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / cardiac muscle cell myoblast differentiation / cell communication / protein tyrosine kinase activator activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / PI3K events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell differentiation / Signaling by ERBB4 / mammary gland development / chemorepellent activity / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / ErbB-3 class receptor binding / ERBB2 Regulates Cell Motility / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / PI3K events in ERBB2 signaling / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / ERBB signaling pathway / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Long-term potentiation / Signaling by ERBB2 / positive regulation of cell adhesion / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / transcription coregulator activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / activation of protein kinase B activity / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / cytokine activity / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Downregulation of ERBB2 signaling / growth factor activity / wound healing / positive regulation of protein-containing complex assembly / receptor tyrosine kinase binding / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / integrin binding / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell differentiation / receptor ligand activity / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neuregulin, C-terminal / Neuregulin-1 / Neuregulin / Neuregulin intracellular region / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Epidermal growth factor-like domain. ...Neuregulin, C-terminal / Neuregulin-1 / Neuregulin / Neuregulin intracellular region / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Ribbon / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-neuregulin-1, membrane-bound isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Nagata, K. / Kohda, D. / Hatanaka, H. / Ichikawa, S. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1994
タイトル: Solution structure of the epidermal growth factor-like domain of heregulin-alpha, a ligand for p180erbB-4.
著者: Nagata, K. / Kohda, D. / Hatanaka, H. / Ichikawa, S. / Matsuda, S. / Yamamoto, T. / Suzuki, A. / Inagaki, F.
履歴
登録1994年7月21日処理サイト: BNL
改定 1.01994年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEREGULIN ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5451
ポリマ－7,5451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 HEREGULIN ALPHA


分子量: 7544.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02297

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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