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- PDB-5msl: Solution structure of the B. subtilis anti-sigma-F factor, FIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5msl
タイトルSolution structure of the B. subtilis anti-sigma-F factor, FIN
要素Anti-sigma-F factor Fin
キーワードTRANSCRIPTION / Zinc finger / bacillus subtilis / sigma factor / sporulation
機能・相同性Anti-sigma-F factor Fin / Anti-sigma-F factor Fin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / regulation of gene expression / metal ion binding / cytoplasm / Anti-sigma-F factor Fin
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Martinez-Lumbreras, S. / Alfano, C. / Isaacson, R.L.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: A novel RNA polymerase-binding protein that interacts with a sigma-factor docking site.
著者: Wang Erickson, A.F. / Deighan, P. / Chen, S. / Barrasso, K. / Garcia, C.P. / Martinez-Lumbreras, S. / Alfano, C. / Krysztofinska, E.M. / Thapaliya, A. / Camp, A.H. / Isaacson, R.L. / Hochschild, A. / Losick, R.
履歴
登録2017年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-sigma-F factor Fin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7522
ポリマ－8,6871
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6420 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Anti-sigma-F factor Fin / Suppressor of recU and recB SubA


分子量: 8686.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: fin, subA, yabK, BSU00540 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P37553
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic22D 1H-15N HSQC
123isotropic22D 1H-13C HSQC
133isotropic23D CBCA(CO)NH
143isotropic23D HN(CA)CB
153isotropic23D HNCO
163isotropic23D (H)CCH-TOCSY
172isotropic22D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution2400 uM FIN, 10 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 250 uM TCEP, 90% H2O/10% D2ONOESY90% H2O/10% D2O
solution3450 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] FIN, 10 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 250 uM TCEP, 90% H2O/10% D2O3Dexp90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMFINnatural abundance2
10 mMpotassium phosphatenatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
250 uMTCEPnatural abundance2
450 uMFIN[U-100% 13C; U-100% 15N]3
10 mMpotassium phosphatenatural abundance3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
250 uMTCEPnatural abundance3
試料状態イオン強度: 166 mM / Label: conditions / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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