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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hqu | ||||||
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タイトル | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 | ||||||
![]() | (POL POLYPROTEIN) x 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / telomerase activity / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA ...RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / telomerase activity / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hsiou, Y. / Ding, J. / Arnold, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Lys103Asn mutation of HIV-1 RT: a novel mechanism of drug resistance. 著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Clark Jr., A.D. / Boyer, P.L. / Lewi, P. / Janssen, P.A. / Kleim, J.P. / Rosner, M. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #1: ![]() タイトル: Structures of Tyr188Leu Mutant and Wild-type HIV-1 Reverse Transcriptase Complexed with the Non-nucleoside Inhibitor HBY 097: Inhibitor Flexibility is a Useful Design Feature for Reducing Drug Resistance 著者: Hsiou, Y. / Das, K. / Ding, J. / Clark Jr., A.D. / Kleim, J.P. / Rosner, M. / Winkler, I. / Riess, G. / Hughes, S.H. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 788.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 819.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64485.887 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 SUBUNIT / 変異: K103N, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 解説: HIV-1 CLONE 12; / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50266.684 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 SUBUNIT / 変異: K103N, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 解説: HIV-1 CLONE 12 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-HBY / ( |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: BIS-TRIS.PROPANE, AMMONIUN SULFATE, GLYCEROL, PEG 8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1997年1月28日 |
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 313409 / Num. obs: 37631 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / % possible all: 45.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 35562 / % possible obs: 94.4 % / Num. measured all: 313409 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 52.7 % / Rmerge(I) obs: 0.468 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1BQM 解像度: 2.7→25 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 61.8 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 4.3 % / Rfactor obs: 0.249 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 61.8 Å2 | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.7 | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / Rfactor Rfree: 0.399 / Rfactor obs: 0.341 |