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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hqt | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF AN ALDEHYDE REDUCTASE Y50F MUTANT-NADP COMPLEX AND ITS IMPLICATIONS FOR SUBSTRATE BINDING | ||||||
要素 | ALDEHYDE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / alpha/beta barrel TIM barrel holo enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / 酸化還元酵素 / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / aldehyde catabolic process / cellular detoxification of aldehyde / L-glucuronate reductase activity ...glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / 酸化還元酵素 / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / aldehyde catabolic process / cellular detoxification of aldehyde / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / aldose reductase (NADPH) activity / lipid metabolic process / apical plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ye, Q. / Hyndman, D. / Green, N.C. / Li, L. / Korithoski, B. / Jia, Z. / Flynn, T.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol.Interact. / 年: 2001 タイトル: The Crystal Structure of an Aldehyde Reductase Y50F Mutant-NADP Complex and its Implications for Substrate Binding 著者: Ye, Q. / Hyndman, D. / Green, N.C. / Li, L. / Jia, Z. / Flynn, T.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hqt.cif.gz | 84.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hqt.ent.gz | 63.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hqt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hqt_validation.pdf.gz | 698.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hqt_full_validation.pdf.gz | 717.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hqt_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hqt_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hqt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36733.059 Da / 分子数: 1 / 変異: Y50F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / プラスミド: PET16B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50578, alcohol dehydrogenase (NADP+) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: PEG 6000, NaCl, MES, EVAPORATION, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→6 Å / Num. all: 42437 / Num. obs: 17569 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 11.04 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.43 / Num. unique all: 17569 / Rsym value: 0.266 / % possible all: 92.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 42437 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Ossama EI-Kabbani, personal communication. 解像度: 2.2→6 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→6 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.212 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor Rfree: 0.296 / Rfactor Rwork: 0.212 |