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- PDB-1ho8: CRYSTAL STRUCTURE OF THE REGULATORY SUBUNIT H OF THE V-TYPE ATPAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ho8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE REGULATORY SUBUNIT H OF THE V-TYPE ATPASE OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE
要素VACUOLAR ATP SYNTHASE SUBUNIT H
キーワードHYDROLASE / HEAT repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification ...Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton transmembrane transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
V-type ATPase, subunit H, C-terminal domain / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical ...V-type ATPase, subunit H, C-terminal domain / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit H
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, 多波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Sagermann, M. / Stevens, T.H. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the regulatory subunit H of the V-type ATPase of Saccharomyces cerevisiae.
著者: Sagermann, M. / Stevens, T.H. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Cloning, expression and crystallization of VMA13p, an essential subunit of the vacuolar H+-ATPase of Saccharomyces cerevisiae.
著者: Sagermann, M. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: VMA13 encodes a 54-kDa vacuolar H(+)-ATPase subunit required for activity but not assembly of the enzyme complex in Saccharomyces cerevisiae.
著者: Ho, M.N. / Hirata, R. / Umemoto, N. / Ohya, Y. / Takatsuki, A. / Stevens, T.H. / Anraku, Y.
履歴
登録2000年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation ...diffrn / diffrn_radiation / pdbx_database_status / software / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn.ambient_pressure / _diffrn.ambient_temp ..._diffrn.ambient_pressure / _diffrn.ambient_temp / _diffrn_radiation.pdbx_wavelength_list / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VACUOLAR ATP SYNTHASE SUBUNIT H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7232
ポリマ－54,6271
非ポリマー961
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.342, 117.342, 119.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 VACUOLAR ATP SYNTHASE SUBUNIT H / VMA13 / V-ATPASE H SUBUNIT / VACUOLAR PROTON PUMP H SUBUNIT / V-ATPASE 54 KDA SUBUNIT


分子量: 54626.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PGEX4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41807, EC: 3.6.1.34
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium sulfate, Dithiothreitol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: Sagermann, M., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 475.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMTris-HCl1drop
2100 mM1dropNaCl
31 mMEDTA1drop
41 mMdithiothreitol1drop
510 mg/mlprotein1drop
750 mMTris-HCl1reservoir
85 mMdithiothreitol1reservoir
6ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折Ambient pressure: 101 kPa / 平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月24日
放射モノクロメーター: Double-Crystal Si 111 crystals / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 0.979 Å
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→71 Å / Num. all: 20090 / Num. obs: 20090 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.95→3.3 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 5733 / Rsym value: 45.4 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 87426

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
SHARP位相決定
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換, 多波長異常分散
開始モデル: vma13 poly alanine

解像度: 2.95→71 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: REFINEMENT AS IMPLEMENTED IN TNT. RESIDUES 54-70 AND 224- 236 WERE NOT MODELED DUE TO DISORDER. RESIDUES 408-415 AND 455-459 WERE PARTIALLY VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY AND REFINED TO HIGH B VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 1624 8 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.223 20130 --
obs0.223 20090 99.8 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.39 Å27.39 Å20 Å2
2--7.39 Å20 Å2
3----14.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3608 0 5 25 3638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d22.39
LS精密化 シェル解像度: 2.95→71 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 1624 -
Rwork0.221 --
obs-20090 99.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor all: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg22.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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