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- PDB-1ho1: CRYSTAL STRUCTURE OF PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ho1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
要素PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal phosphate (active vitamin B6) biosynthesis PdxJ / Pyridoxine 5'-phosphate synthase / Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyridoxine 5'-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Garrido-Franco, M. / Laber, B. / Huber, R. / Clausen, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structural basis for the function of pyridoxine 5'-phosphate synthase.
著者: Franco, M.G. / Laber, B. / Huber, R. / Clausen, T.
履歴
登録2000年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
B: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
C: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
D: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1614
ポリマ－105,1614
非ポリマー00
水13,457747
1
A: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
B: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
C: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
D: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE

A: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
B: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
C: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
D: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,3218
ポリマ－210,3218
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.129, 155.358, 129.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is an octamer generated from the tetramer in the asymmetric unit by the operations: x,-y,-z

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要素

#1: タンパク質
PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE / PYRIDOXAL PHOSPHATE BIOSYNTHETIC PROTEIN PDXJ


分子量: 26290.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PDXJ / プラスミド: PASK-IBA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P0A794
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG6000, 2M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
22 mMTris-HCl1drop
310 %PEG60001reservoir
42 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月16日
放射モノクロメーター: Si filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 87995 / Num. obs: 345047 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 48550 / Rsym value: 0.452 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
Num. obs: 87995 / Num. measured all: 345047
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
RfactorSelection details
Rfree0.253 random
Rwork0.206 -
all0.208 -
obs0.208 -
原子変位パラメータBiso mean: 39.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7190 0 0 747 7937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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